Whole-genome sequencing-based epidemiology and analysis of genetic and physiological features that are associated with the spread of methicillin-resistant and susceptible strains of Staphylococcus aureus and coagulase-negative staphylococci.
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202300001
Main participants
Fakultní nemocnice v Motole
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU23-09-00080
Alternative language
Project name in Czech
Celogenomové sekvenování pro studium epidemiologie stafylokoků a analýza genetických a fyziologických rysů spojených s šířením meticilin rezistentních i citlivých kmenů Staphylococcus aureus a koaguláza negativních stafylokoků.
Annotation in Czech
Stafylokoky jsou významné patogenní bakterií schopné způsobit široké spektrum infekcí. Podle Světové zdravotnické organizace (WHO) představuje Staphylococcus aureus reprezentovaný meticilin rezistentními kmeny (MRSA) jednu z hlavních hrozeb světovému zdraví. V kontrastu s jasným klinickým významem S. aureus nebyly koaguláza negativní stafylokoky (SKN) dlouho považovány za skutečné patogeny. S rozvojem moderní mediciny byly ale SKN (S. epidermidis a S. haemolyticus) rozpoznány jako jedni z nejvýznamnějších původců nemocničních infekcí, často vykazující mnohočetnou antibiotickou rezistenci. SKN představují zdroj genů rezistence pro S. aureus a nedávné studie dokázaly, že dominantní nemocniční linie S. epidermidis, získaly modifikaci buněčné stěny, která zvyšuje šanci přenosu genetické informace mezi S. epidermidis a S. aureus, ale také invazivitu S. epidermidis. V souladu s prioritami výzvy je cíl navrhovaného projektu studium molekulární epidemiologie S. aureus a koaguláza negativních stafylokoků vyskytujících se v České republice (ČR), včetně kmenů s rezistencí k meticilinu a dalším antibiotikům. V průběhu řešení budeme analyzovat izoláty S. aureus, MRSA a SKN pocházející z retrospektivních a prospektivních sbírek izolátů humánního (nemocničního a komunitního) původu z ČR a FN Motol. Izoláty budou analyzovány pomocí celogenomového sekvenování s cílem identifikovat epidemické klonální linie MSSA, MRSA a SKN, a popsat geny rezistence a virulence nesené těmito kmeny. Následně budou izoláty z dominantních epidemických linií analyzovány z hlediska růstových charakteristik, schopnosti kompetice s jinými kmeny a druhy stafylokoků, tvorby biofilmu, produkce virulenčních faktorů, perzistence, heterorezistence a tolerance k antimikrobiálním látkám. Získané údaje budou korelovány s genetickou analýzou izolátů pomocí celogenomového sekvenování. Projekt umožní hlubší porozumění epidemiologii S. aureus a SKN v ČR včetně vlastností, které přispívají k šíření epidemických klonů.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
10606 - Microbiology
OECD FORD - secondary branch
30303 - Infectious Diseases
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EE - Microbiology, virology<br>FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2023
Realization period - end
Dec 31, 2026
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Apr 28, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-MZ0-NU-R
Data delivery date
Feb 21, 2024
Finance
Total approved costs
5,141 thou. CZK
Public financial support
5,141 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK