Unleashing the Potential of Whole-Genome Sequencing for Routine Clinical Microbiology and Epidemiology
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202400001
Main participants
Fakultní nemocnice Brno
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NW24-09-00126
Alternative language
Project name in Czech
Využití potenciálu celogenomové sekvenace pro rutinní klinickou mikrobiologii a epidemiologii
Annotation in Czech
Typizace bakterií hraje klíčovou roli v surveillance, epidemiologii a kontrole infekcí v lidském, veterinárním a environmentálním sektoru, což z ní činí nedílnou součást Evropského plánu „Jednoho zdraví proti antimikrobiální rezistenci“. V průběhu let byla vyvinuta řada různých typizačních metod. Tyto metody ovšem často nemají rozlišovací schopnost, kterou nabízejí moderní molekulární techniky, jako je celogenomové sekvenování (WGS). WGS umožňuje charakterizaci bakteriálních kmenů až na úrovni rozdílů v jednotlivých nukleotidech, díky čemuž poskytuje klíčové informace pro epidemiologické studie, šetření výskytu nákaz a personalizaci strategií léčby. Analýzou kompletních sekvencí genomu lze odhalit důležité vlastnosti, jako jsou virulenční faktory, geny rezistence vůči antimikrobiálním látkám a fylogenetické vztahy, což přispívá k hlubšímu porozumění bakteriální patogeneze a také dynamiky přenosu. I když dostupnost WGS roste, stále přetrvává významný problém: nedostatek uživatelsky přívětivých bioinformatických nástrojů pro zpracování získaných dat. Náš projekt si klade za cíl předkládaný problém řešit vývojem softwarové platformy, která integruje nezbytné bioinformatické nástroje pro identifikaci kmenů, profilování virulence a analýzu rezistence vůči antimikrobiálním látkám. Kromě toho je cílem vývoj epidemiologické databáze, která bude sloužit jako úložiště výsledků analýz a epidemiologických metadat, poskytující cenný zdroj informací pro další výzkum. Bioinformatické nástroje vyvinuté v rámci tohoto projektu tak umožní všem odborníkům plně využít potenciál WGS. A celý projekt tak připraví podmínky pro širší přijetí WGS v rutinních laboratorních postupech, což přispěje k lepšímu porozumění a managementu infekčních chorob napříč různými odvětvími.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
10606 - Microbiology
OECD FORD - secondary branch
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
OECD FORD - another secondary branch
30302 - Epidemiology
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
AF - Documentation, librarianship, work with information<br>BC - Theory and management systems<br>BD - Information theory<br>EE - Microbiology, virology<br>FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology<br>IN - Informatics
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2024
Realization period - end
Dec 31, 2027
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Apr 12, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-MZ0-NW-R
Data delivery date
Mar 12, 2025
Finance
Total approved costs
9,875 thou. CZK
Public financial support
9,875 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK