One Health genomic epidemiology of Escherichia coli: transmission of pathogenic strains and antibiotic resistance via food chain
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202400001
Main participants
Veterinární univerzita Brno / CEITEC - Středoevropský technologický institut, VFU Brno
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NW24-09-00510
Alternative language
Project name in Czech
Genomická epidemiologie Escherichia coli v konceptu Jedno zdraví: přenos patogenních kmenů a antibiotické rezistence potravinovým řetězcem
Annotation in Czech
Nárůst antimikrobiální rezistence (AMR) u patogenních linií Escherichia coli představuje celosvětovou zátěž pro veřejné zdraví. Ptačí patogenní E. coli (APEC) jsou podskupinou E. coli vyvolávající závažné infekce drůbeže, ale současné poznatky ukazují, že kmeny APEC mohou patřit mezi významné zoonotické patogeny s potenciálem způsobovat lidské infekce. Podíl, AMR a genetické rysy APEC kmenů stojících za lidskými chorobami však nejsou v současnosti známé a informace o výskytu a vlastnostech APEC kmenů v ČR zcela chybí. V rámci tohoto projektu prozkoumáme molekulární epidemiologii, AMR a virulenci APEC u lidí a drůbeže, porovnáme specifické rysy sdílené těmito kmeny a odhalíme faktory, které stojí za úspěchem zoonotických kmenů. Sběry humánních izolátů budou probíhat ve spolupráci s nemocnicemi, zatímco sběr vzorků drůbežího původu bude realizován v návaznosti na národní monitoring patogenů na Státních veterinárních ústavech. Pro porovnání humánních a animálních kmenů provedeme komplexní komparativní genomiku s využitím dat z celogenomového sekvenování (WGS). Pozornost bude soustředěna na sledování vazeb mezi AMR, virulencí a populační strukturou APEC v návaznosti na jejich humánní/drůbeží původ a v porovnání s environmentálními a jinými animálními zdroji a rovněž s daty ze světa. Mobilní genetické elementy (MGE) budou analyzovány pomocí integrovaného přístupu sekvenování dlouhých fragmentů DNA, genomiky, in vitro experimentů a korelační analýzy pro zhodnocení jejich významu v šíření rezistentních APEC kmenů mezi různými nikami. Na základě výsledků mezisektorového srovnání a rozsáhlých genomických analýz navrhneme standardizované schéma monitoringu zoonotických patogenů potravinového původu založené na WGS a bioinformatické analýze s cílem zpřesnit diagnostiku a přispět ze zlepšení veřejného zdraví. Tento projekt realizovaný s ohledem na koncept Jedno zdraví významně podpoří spolupráci mezi humánní a veterinární sférou jako zásadního předpokladu boje s AMR.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
30302 - Epidemiology
OECD FORD - secondary branch
10606 - Microbiology
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EE - Microbiology, virology<br>FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2024
Realization period - end
Dec 31, 2027
Project status
Z - Beginning multi-year project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-MZ0-NW-R
Data delivery date
Mar 25, 2024
Finance
Total approved costs
12,997 thou. CZK
Public financial support
12,997 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK