Extraintestinal pathogenic Escherichia coli: molecular epidemiology and population genomics within national surveillance of antimicrobial resistance
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202200001
Main participants
Univerzita Karlova / Lékařská fakulta v Plzni
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU22-09-00645
Alternative language
Project name in Czech
Extraintestinální patogenní Escherichia coli: molekulární epidemiologie a populační genomika v rámci národní surveillance antimikrobiální rezistence
Annotation in Czech
Extraintestinální patogenní kmeny Escherichia coli (ExPEC) způsobují širokou škálu onemocnění člověka od infekcí močových cest až po život ohrožující bakteriémie a sepse. Celosvětový nárůst nemocnosti, úmrtnosti a nákladů na léčbu infekcí vyvolaných těmito bakteriemi představuje jednu z nejvýznamnějších hrozeb veřejného zdraví. Ve světě je dokumentováno šíření rizikových klonálních linií ExPEC s klinickým významem, vysokou mírou antibiotické rezistence a virulence. Vlastnosti kmenů ExPEC, pokud jde o jejich populační strukturu, dynamiku a fylogenetickou příbuznost, jsou pro některé významné klonální linie doposud neznámé a v České republice tyto informace zcela chybí. V rámci tohoto projektu budeme zkoumat genetické vlastnosti izolátů ExPEC citlivých i rezistentních na cefalosporiny z komunitních a nosokomiálních infekcí močových cest, bakteriémií a gastrointestinálních kolonizací. Sběry izolátů a anonymizovaných klinických dat z laboratoří napříč Českou republikou budou probíhat ve spolupráci se Státním zdravotním ústavem v přímé návaznosti na národní program pro sledování rizikových patogenů. Komplexní přístupy zahrnující celogenomové sekvenování, bioinformatickou analýzu a komparativní genomiku umožní určit genetickou strukturu populace ExPEC a odhalit specifická spojeni určitých klonů s geny rezistence k antibiotikům a faktory virulence. Sekvenování dlouhých fragmentů DNA nejpokročilejšími technologiemi poskytne ucelený pohled na význam mobilních genetických elementů v patogenezi ExPEC a šíření rezistence. Genomická data ExPEC budou uvedena do kontextu klinických a epidemiologických dat s cílem určit faktory sdružené s hostitelem a mikrobem, které stojí za rozvojem onemocnění a jeho průběhem. Výsledky projektu budou přímo použity pro zlepšení postupů diagnostiky a léčby ExPEC infekcí a poskytnuty státním orgánům veřejného zdraví zapojených do procesu tvorby, hodnocení a revize antibiotické politiky.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
30303 - Infectious Diseases
OECD FORD - secondary branch
30302 - Epidemiology
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Apr 28, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-MZ0-NU-R
Data delivery date
Feb 21, 2024
Finance
Total approved costs
11,574 thou. CZK
Public financial support
11,574 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK