Extraintestinal pathogenic Escherichia coli: molecular epidemiology and population genomics within national surveillance of antimicrobial resistance
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202200001
Main participants
Univerzita Karlova / Lékařská fakulta v Plzni
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU22-09-00645
Alternative language
Project name in Czech
Extraintestinální patogenní Escherichia coli: molekulární epidemiologie a populační genomika v rámci národní surveillance antimikrobiální rezistence
Annotation in Czech
Extraintestinální patogenní kmeny Escherichia coli (ExPEC) způsobují širokou škálu onemocnění člověka od infekcí močových cest až po život ohrožující bakteriémie a sepse. Celosvětový nárůst nemocnosti, úmrtnosti a nákladů na léčbu infekcí vyvolaných těmito bakteriemi představuje jednu z nejvýznamnějších hrozeb veřejného zdraví. Ve světě je dokumentováno šíření rizikových klonálních linií ExPEC s klinickým významem, vysokou mírou antibiotické rezistence a virulence. Vlastnosti kmenů ExPEC, pokud jde o jejich populační strukturu, dynamiku a fylogenetickou příbuznost, jsou pro některé významné klonální linie doposud neznámé a v České republice tyto informace zcela chybí. V rámci tohoto projektu budeme zkoumat genetické vlastnosti izolátů ExPEC citlivých i rezistentních na cefalosporiny z komunitních a nosokomiálních infekcí močových cest, bakteriémií a gastrointestinálních kolonizací. Sběry izolátů a anonymizovaných klinických dat z laboratoří napříč Českou republikou budou probíhat ve spolupráci se Státním zdravotním ústavem v přímé návaznosti na národní program pro sledování rizikových patogenů. Komplexní přístupy zahrnující celogenomové sekvenování, bioinformatickou analýzu a komparativní genomiku umožní určit genetickou strukturu populace ExPEC a odhalit specifická spojeni určitých klonů s geny rezistence k antibiotikům a faktory virulence. Sekvenování dlouhých fragmentů DNA nejpokročilejšími technologiemi poskytne ucelený pohled na význam mobilních genetických elementů v patogenezi ExPEC a šíření rezistence. Genomická data ExPEC budou uvedena do kontextu klinických a epidemiologických dat s cílem určit faktory sdružené s hostitelem a mikrobem, které stojí za rozvojem onemocnění a jeho průběhem. Výsledky projektu budou přímo použity pro zlepšení postupů diagnostiky a léčby ExPEC infekcí a poskytnuty státním orgánům veřejného zdraví zapojených do procesu tvorby, hodnocení a revize antibiotické politiky.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
30303 - Infectious Diseases
OECD FORD - secondary branch
30302 - Epidemiology
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The project made a significant scientific contribution in the field of molecular epidemiology and genomics of ExPEC in the Czech Republic. A unique collection of isolates was established and comprehensively analyzed using whole-genome sequencing (WGS), leading to new insights into the population structure, dissemination, and evolution of important clonal lineages. The data reported by the investigator are adequate and consistent with the achieved results. The project has clear relevance for clinical practice, particularly in the areas of antimicrobial resistance surveillance, diagnostics, and antibiotic policy, and it also contributed to the training of specialists. The outputs include high-quality publications in Q1 journals, with additional manuscripts in preparation. No significant shortcomings in compliance with the project guidelines or in the use of financial resources were identified.
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 4, 2025
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP26-MZ0-NU-U
Data delivery date
Jul 13, 2026
Finance
Total approved costs
11,474 thou. CZK
Public financial support
11,474 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK