Development of modular bioinformatics platform for next-generation sequencing data analysis.
Public support
Provider
Technology Agency of the Czech Republic
Programme
Programme for funding of applied research ZETA
Call for proposals
ZETA 2 (STA02018TJ020)
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
TJ02000133 - Smlouva o poskytnutí podpory
Alternative language
Project name in Czech
Vývoj modulární bioinformatické platformy pro analýzu dat získaných sekvenováním nové generace
Annotation in Czech
Cílem navrhovaného projektu je (i) zavedení rozsáhlého “capture-based” NGS panelu pro hematologické malignity a (ii) vytvoření univerzálního bioinformatického nástroje, který umožní analýzu několika typů genetických změn současně a přitom bude použitelný pro běžné uživatele ve výzkumu i v diagnostické praxi. Uživatelé tohoto nástroje budou schopni si sami jednoduše spustit analýzu NGS dat s přednastavenými parametry, které bude možné měnit podle jejich vlastních požadavků. Výstupní data budou uchována a zobrazena prostřednictvím interaktivní vizualizace vhodné pro export. Platforma bude primárně vytvořena pro navržený hematoonkologický panel, nicméně naším záměrem je vytvořit vysoce modulární bioinformatický nástroj s možností rozšíření i pro jiné cílené panely.
Scientific branches
R&D category
VV - Exeperimental development
OECD FORD - main branch
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
OECD FORD - secondary branch
30204 - Oncology
OECD FORD - another secondary branch
30205 - Hematology
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
AF - Documentation, librarianship, work with information<br>BC - Theory and management systems<br>BD - Information theory<br>FD - Oncology and haematology<br>IN - Informatics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The goals of the project were met according to the assignment in the planned time. During the solution of the project, results beyond the original assumptions were also achieved in the form of presentation of results in a professional journal with IF. The publication success thus suggests the interest of the LYNX protocol for a worldwide scientific audience and the quality of the results it provides. The use of funds was clearly documented and the funds allocated were used effectively. The implementation plan includes further use of the project results. Overall, therefore, the project was developed at a high professional level.
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2019
Realization period - end
Apr 30, 2021
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 28, 2021
Data delivery to CEP
Confidentiality
C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.
Data delivery code
CEP22-TA0-TJ-U
Data delivery date
Jun 30, 2022
Finance
Total approved costs
9,745 thou. CZK
Public financial support
8,093 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
1,542 thou. CZK