All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

AUTOMATIC COMPARATIVE SAMPLES EVALUATION

The result's identifiers

  • Result code in IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00007064%3AK01__%2F16%3A%230000118" target="_blank" >RIV/00007064:K01__/16:#0000118 - isvavai.cz</a>

  • Result on the web

    <a href="http://apsku11.kup.pcr.cz/portal/page/portal/KUP_GROUP/HOMEPAGE" target="_blank" >http://apsku11.kup.pcr.cz/portal/page/portal/KUP_GROUP/HOMEPAGE</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

Alternative languages

  • Result language

    čeština

  • Original language name

    ACOSE (Automatické vyhodnocování srovnávacích vzorků)

  • Original language description

    Software ACOSE slouží k automatickému vyhodnocování profilů DNA stanovených ze srovnávacích vzorků vyexportovaných z programů GeneMapper (ve formátu .txt nebo .csv). Drtivá většina vzorků totiž obsahuje řadu artefaktů, které GeneMapper falešně označí jako alely. Tyto artefakty je třeba před exportem do databáze CODIS ručně odstranit. Tento program automatizuje toto ruční mazání nesprávně označených artefaktů. Alely k vymazání jsou vybírány podle předem nastavených parametrů. Tyto parametry je možné měnit a různá nastavení parametrů pak ukládat jako rozdílné metody. Výsledek analýzy programem ACOSE je potom připraven k importu do databáze CODIS ve formátu xml. Dále je vyhotovena tabulka ve formátu programu Excel obsahující všechny vyexportované profily a seznam profilů, které z důvodů nesplnění parametrů exportovány nebyly. Tyto vzorky je potřeba zkontrolovat v programu GeneMapper a v případě, že lze vzorek ručně opravit, znova vyexportovat.

  • Czech name

    ACOSE (Automatické vyhodnocování srovnávacích vzorků)

  • Czech description

    Software ACOSE slouží k automatickému vyhodnocování profilů DNA stanovených ze srovnávacích vzorků vyexportovaných z programů GeneMapper (ve formátu .txt nebo .csv). Drtivá většina vzorků totiž obsahuje řadu artefaktů, které GeneMapper falešně označí jako alely. Tyto artefakty je třeba před exportem do databáze CODIS ručně odstranit. Tento program automatizuje toto ruční mazání nesprávně označených artefaktů. Alely k vymazání jsou vybírány podle předem nastavených parametrů. Tyto parametry je možné měnit a různá nastavení parametrů pak ukládat jako rozdílné metody. Výsledek analýzy programem ACOSE je potom připraven k importu do databáze CODIS ve formátu xml. Dále je vyhotovena tabulka ve formátu programu Excel obsahující všechny vyexportované profily a seznam profilů, které z důvodů nesplnění parametrů exportovány nebyly. Tyto vzorky je potřeba zkontrolovat v programu GeneMapper a v případě, že lze vzorek ručně opravit, znova vyexportovat.

Classification

  • Type

    R - Software

  • CEP classification

    EB - Genetics and molecular biology

  • OECD FORD branch

Result continuities

  • Project

    <a href="/en/project/VG20122015071" target="_blank" >VG20122015071: Development, Application and Automation of Genetic Analysis Technologies and Procedures Aimed at Predicting and Identifying Perpetrators and Victims of Terrorist Attacks, Crimes nad Natural Disasters.</a><br>

  • Continuities

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Others

  • Publication year

    2016

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data specific for result type

  • Internal product ID

    software ACOSE

  • Technical parameters

    Program funguje v prostředí JAVA a spouští se pomocí dávkového příkazu "acose" a ve složce, ze které je spuštěn, očekává několik konfiguračních souborů: - konfiguraci exportu: exporter_config.properties - konfiguraci uživatelů: users.properties - konfigurace jednotlivých metod se jmény ve tvaru method_METODA.ini, např. method_test.ini Více informací je v dodaných souborech. Vyhodnocování probíhá pro každý náběr zvlášť, pakliže neprojde ani jeden náběr, tak je celý vzorek vyřazen. U každého markeru se vyhodnocuje: 1. náběr je vyřazen, nemá-li marker žádné alely 2. náběr je vyřazen, neobsahuje-li pouze povolené sestavy alel dle "permittedAlleles" 3. všechny alely až na dvě nejvyšší jsou zahozeny 4. zahodí se nižší alela dle "peakHeightFilterExpression" z vybrané metody 5. náběr je vyřazen, je-li jakákoliv ze zbylých alel OL 6. zbyde-li pouze jedna alela, tak je náběr vyřazen, pakliže neprojde "lowSingleAlleleExpression" z vybrané metody. jan.schnitzer@pcr.cz; Software bude využíván v rámci KÚP a OKTE.

  • Economical parameters

    Zefektivnění celého laboratorního procesu, který umožnil navýšení počtu zpracovaných vzorků.

  • Owner IČO

    00007064

  • Owner name

    Policie ČR, Kriminalistický ústav Praha