AUTOMATIC COMPARATIVE SAMPLES EVALUATION
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00007064%3AK01__%2F16%3A%230000118" target="_blank" >RIV/00007064:K01__/16:#0000118 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="http://apsku11.kup.pcr.cz/portal/page/portal/KUP_GROUP/HOMEPAGE" target="_blank" >http://apsku11.kup.pcr.cz/portal/page/portal/KUP_GROUP/HOMEPAGE</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
ACOSE (Automatické vyhodnocování srovnávacích vzorků)
Original language description
Software ACOSE slouží k automatickému vyhodnocování profilů DNA stanovených ze srovnávacích vzorků vyexportovaných z programů GeneMapper (ve formátu .txt nebo .csv). Drtivá většina vzorků totiž obsahuje řadu artefaktů, které GeneMapper falešně označí jako alely. Tyto artefakty je třeba před exportem do databáze CODIS ručně odstranit. Tento program automatizuje toto ruční mazání nesprávně označených artefaktů. Alely k vymazání jsou vybírány podle předem nastavených parametrů. Tyto parametry je možné měnit a různá nastavení parametrů pak ukládat jako rozdílné metody. Výsledek analýzy programem ACOSE je potom připraven k importu do databáze CODIS ve formátu xml. Dále je vyhotovena tabulka ve formátu programu Excel obsahující všechny vyexportované profily a seznam profilů, které z důvodů nesplnění parametrů exportovány nebyly. Tyto vzorky je potřeba zkontrolovat v programu GeneMapper a v případě, že lze vzorek ručně opravit, znova vyexportovat.
Czech name
ACOSE (Automatické vyhodnocování srovnávacích vzorků)
Czech description
Software ACOSE slouží k automatickému vyhodnocování profilů DNA stanovených ze srovnávacích vzorků vyexportovaných z programů GeneMapper (ve formátu .txt nebo .csv). Drtivá většina vzorků totiž obsahuje řadu artefaktů, které GeneMapper falešně označí jako alely. Tyto artefakty je třeba před exportem do databáze CODIS ručně odstranit. Tento program automatizuje toto ruční mazání nesprávně označených artefaktů. Alely k vymazání jsou vybírány podle předem nastavených parametrů. Tyto parametry je možné měnit a různá nastavení parametrů pak ukládat jako rozdílné metody. Výsledek analýzy programem ACOSE je potom připraven k importu do databáze CODIS ve formátu xml. Dále je vyhotovena tabulka ve formátu programu Excel obsahující všechny vyexportované profily a seznam profilů, které z důvodů nesplnění parametrů exportovány nebyly. Tyto vzorky je potřeba zkontrolovat v programu GeneMapper a v případě, že lze vzorek ručně opravit, znova vyexportovat.
Classification
Type
R - Software
CEP classification
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
<a href="/en/project/VG20122015071" target="_blank" >VG20122015071: Development, Application and Automation of Genetic Analysis Technologies and Procedures Aimed at Predicting and Identifying Perpetrators and Victims of Terrorist Attacks, Crimes nad Natural Disasters.</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2016
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
software ACOSE
Technical parameters
Program funguje v prostředí JAVA a spouští se pomocí dávkového příkazu "acose" a ve složce, ze které je spuštěn, očekává několik konfiguračních souborů: - konfiguraci exportu: exporter_config.properties - konfiguraci uživatelů: users.properties - konfigurace jednotlivých metod se jmény ve tvaru method_METODA.ini, např. method_test.ini Více informací je v dodaných souborech. Vyhodnocování probíhá pro každý náběr zvlášť, pakliže neprojde ani jeden náběr, tak je celý vzorek vyřazen. U každého markeru se vyhodnocuje: 1. náběr je vyřazen, nemá-li marker žádné alely 2. náběr je vyřazen, neobsahuje-li pouze povolené sestavy alel dle "permittedAlleles" 3. všechny alely až na dvě nejvyšší jsou zahozeny 4. zahodí se nižší alela dle "peakHeightFilterExpression" z vybrané metody 5. náběr je vyřazen, je-li jakákoliv ze zbylých alel OL 6. zbyde-li pouze jedna alela, tak je náběr vyřazen, pakliže neprojde "lowSingleAlleleExpression" z vybrané metody. jan.schnitzer@pcr.cz; Software bude využíván v rámci KÚP a OKTE.
Economical parameters
Zefektivnění celého laboratorního procesu, který umožnil navýšení počtu zpracovaných vzorků.
Owner IČO
00007064
Owner name
Policie ČR, Kriminalistický ústav Praha