Acquiring molecular data during field research - personal experience and recommendations

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00023272%3A_____%2F25%3A10136964" target="_blank" >RIV/00023272:_____/25:10136964 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Získávání molekulárních dat v průběhu terénních výzkumů - vlastní zkušenosti a doporučení

Original language description

Příspěvek shrnuje naše zkušenosti z let 2019 až 2024 při získávání molekulárních dat z čerstvých sběrů hub v nelaboratorních podmínkách. V rámci pravidelného týdenního vysokoškolského mykologického kurzu jsme vyzkoušeli různé metodické postupy a postupně optimalizovali protokol vedoucí od extrakce DNA až po sekvenci vybraného molekulárního markeru. Při srovnání různých metod extrakce DNA se jako nejvhodnější ukázaly Genomic Mini AX Yeast Spin a Dipstick DNA Extraction Kit. V kombinaci s mobilním zařízením Bento Lab zahrnujícím v sobě několik laboratorních přístrojů nutných k amplifikaci DNA jsme získali sekvence ITS markeru k téměř 60 % analyzovaných vzorků čerstvých sběrů z terénu. Na závěr shrnujeme a diskutujeme význam a limity získávání molekulárních dat v terénu.

Czech name

Získávání molekulárních dat v průběhu terénních výzkumů - vlastní zkušenosti a doporučení

Czech description

Příspěvek shrnuje naše zkušenosti z let 2019 až 2024 při získávání molekulárních dat z čerstvých sběrů hub v nelaboratorních podmínkách. V rámci pravidelného týdenního vysokoškolského mykologického kurzu jsme vyzkoušeli různé metodické postupy a postupně optimalizovali protokol vedoucí od extrakce DNA až po sekvenci vybraného molekulárního markeru. Při srovnání různých metod extrakce DNA se jako nejvhodnější ukázaly Genomic Mini AX Yeast Spin a Dipstick DNA Extraction Kit. V kombinaci s mobilním zařízením Bento Lab zahrnujícím v sobě několik laboratorních přístrojů nutných k amplifikaci DNA jsme získali sekvence ITS markeru k téměř 60 % analyzovaných vzorků čerstvých sběrů z terénu. Na závěr shrnujeme a diskutujeme význam a limity získávání molekulárních dat v terénu.

Type

J_ost - Miscellaneous article in a specialist periodical

CEP classification

—

OECD FORD branch

10612 - Mycology

Project

—

Continuities

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2025

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Mykologické listy

ISSN

1213-5887

e-ISSN

—

Volume of the periodical

Neuveden

Issue of the periodical within the volume

159

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

13

Pages from-to

47-59

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—