Next-generation DNA sequencing method for diagnosis of Paenibacillus larvae
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027006%3A_____%2F16%3A00003705" target="_blank" >RIV/00027006:_____/16:00003705 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="http://www.vurv.cz/sites/File/Publications/ISBN978-80-7427-205-9.pdf" target="_blank" >http://www.vurv.cz/sites/File/Publications/ISBN978-80-7427-205-9.pdf</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Využití nové generace sekvenování pro diagnostiku původce moru včelího plodu Paenibacillus larvae
Original language description
Metodika je zaměřena na využití sekvenování nové generace pro diagnostiku Paenibacillus larvae, který je původce moru včelího plodu. Použitý metodický přístup umožňuje detekci patogena v různých vývojových stádiích včel včetně dospělých dělnic, které přenášejí infekci. Metoda je tedy vhodná pro preklinickou diagnostiku moru včelího plodu. Popsaným postupem je možné nejen detekovat a kvantifikovat patogena, ale i jiné bakterie, jejichž zastoupení může patogen ovlivňovat. Postup byl ověřován na konkrétním případu moru včelího plodu. Text zahrnuje podrobně popsané postupy laboratorního zpracování vzorků včel, vyhodnocení v bioinformatickém programu mothur a interpretaci dat. Metodika je využitelná pro potřeby laboratoří zabývající se diagnostikou onemocnění včel, je vhodná i pro potřeby výzkumné či didaktické.
Czech name
Využití nové generace sekvenování pro diagnostiku původce moru včelího plodu Paenibacillus larvae
Czech description
Metodika je zaměřena na využití sekvenování nové generace pro diagnostiku Paenibacillus larvae, který je původce moru včelího plodu. Použitý metodický přístup umožňuje detekci patogena v různých vývojových stádiích včel včetně dospělých dělnic, které přenášejí infekci. Metoda je tedy vhodná pro preklinickou diagnostiku moru včelího plodu. Popsaným postupem je možné nejen detekovat a kvantifikovat patogena, ale i jiné bakterie, jejichž zastoupení může patogen ovlivňovat. Postup byl ověřován na konkrétním případu moru včelího plodu. Text zahrnuje podrobně popsané postupy laboratorního zpracování vzorků včel, vyhodnocení v bioinformatickém programu mothur a interpretaci dat. Metodika je využitelná pro potřeby laboratoří zabývající se diagnostikou onemocnění včel, je vhodná i pro potřeby výzkumné či didaktické.
Classification
Type
N<sub>metC</sub> - Methodology certified by the authorised body
CEP classification
GJ - Diseases and animal vermin, veterinary medicine
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
<a href="/en/project/QJ1310085" target="_blank" >QJ1310085: New methods for complex diagnostics of Apis mellifera healh state with applications mainly in prevention of illness and for systems increasing their fitness</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2016
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
ISBN 978-80-7427-205-9
Regulation ID
18890/2016-MZE-16232
Technical parameters
Osvědčení pod č.j. 18890/2016-MZE-16232 o uznání uplatněné certifikované metodiky vydalo Ministerstvo zemědělství, Sekce lesního hospodářství, Odbor státní správy lesů, myslivosti a rybářství dne 15.6.2016. Smlouva o využití výsledku č. 3/2016 byla uzavřena s Českým svazem včelařů, z.s., Křemencova 8, 110 00 Praha 1, IČ: 00443239, DIČ: CZ00443239, zastoupeným předsedkyní Mgr. Jarmilou Machovou a tajemníkem Ing. Petrem Šerákem (uživatel) dne 31.5.2016. Statutární zástupce za VÚRV, v.v.i.: Dr. Ing. Pavel Čermák, ředitel Kontaktní osoba za VÚRV,v.v.i.: Doc. Mgr. Jan Hubert, Ph.D., tel. 233022265, e-mail: hubert@vurv.cz ISBN 978-80-7427-205-9
Economical parameters
Náklady na extrakci DNA z jednoho vzorku se pohybují okolo 100 Kč. Sekvenování jednoho vzorku včetně bioinformatické analýzy obalsti V1-V3 stálo 80 USD. Konkurenční sekvenanční firmy nabízejí 20-30 USD za sekvenaci V4-V5 obůasti 16S rRNA. V této studii byla využita analýza 40 vzorků s odhadovanou cenou 100 tisíc Kč bez nákladů spojených s interpretací výsledků.
Certification body designation
Ministerstvo zemědělství, Sekce lesního hospodářství, Odbor státní správy lesů, myslivosti a rybářství, Těšnov 65/17, 110 00 Praha 1
Date of certification
—
Method of use
C - Výsledek je využíván bez omezení okruhu uživatelů