Laboratory determination of functional variants in the TLR genes of cattle innate immunity

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027014%3A_____%2F18%3AN0000261" target="_blank" >RIV/00027014:_____/18:N0000261 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://vuzv.cz/wp-content/uploads/2019/01/18260.pdf" target="_blank" >https://vuzv.cz/wp-content/uploads/2019/01/18260.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Laboratorní určování funkčních variant v genech TLR přirozené imunity skotu

Original language description

Přímá selekce na zdravotní znaky v populacích mléčného skotu, konkrétně na znaky rezistence vůči infekcím, je usnadněna možností určovat konkrétní varianty příčinných genů, které tyto znaky řídí. Zvažování účinků variant genů působících v rámci přirozené imunity je třeba považovat za doplněk základního výpočtu plemenných hodnot a tvorby selekčních indexů a konzultační činnosti při zlepšení stáda pro požadované znaky. Cílem metodiky je koncentrovat možnosti, které poskytuje variabilita klíčové skupiny TLR genů vrozené imunity, pro genetickou diagnostiku. TLR geny kódují řadu deseti tzv. Toll-like receptorů, na něž navazuje signální dráha, která aktivuje obrannou odpověď už na úrovni přepisu genů. Metodika zahrnula určení těch variant TLR genů, které se vyskytují v domácích populacích dojeného skotu na základě provedeného výzkumu. Ten byl založen na resekvenování vybraných genů pomocí sekvenování nové generace. Druhým kritériem je počítačová předpověď významného efektu změny na úrovni bílkoviny. Třetím kritériem pro zařazení jsou údaje, které byly o účinku konkrétních mutací publikovány pro světové populace. Ty jsou v metodice uvedeny a měly by poskytnout podklady pro jejich šlechtitelské využití výsledků testů. Údaje o efektech budou průběžně doplňovány výsledky validace efektů u mléčného skotu na základě ukončeného projektu NAZV QJ1610489 a potenciálních dalších výzkumů, zejména na základě dat zjišťovaných po rozšíření metodiky. Technicky je metodika založena na amplifikaci vybraných úseků z genů TLR ze vzorků genomické DNA skotu a následném provádění genotypovacích reakcí na těchto fragmentech. Ty jsou typu extenze primeru (SNaPshot v komerční variantě). Kromě ekonomického přínosu metodiky pro šlechtění je třeba brát zřetel na omezení používání antibiotik, zlepšení wellfare zvířat a také stabilitu odvětví pro případ epizootií. Šlechtění na zdravotní znaky je třeba považovat za součást trvale udržitelného zemědělství.

Czech name

Laboratorní určování funkčních variant v genech TLR přirozené imunity skotu

Czech description

Přímá selekce na zdravotní znaky v populacích mléčného skotu, konkrétně na znaky rezistence vůči infekcím, je usnadněna možností určovat konkrétní varianty příčinných genů, které tyto znaky řídí. Zvažování účinků variant genů působících v rámci přirozené imunity je třeba považovat za doplněk základního výpočtu plemenných hodnot a tvorby selekčních indexů a konzultační činnosti při zlepšení stáda pro požadované znaky. Cílem metodiky je koncentrovat možnosti, které poskytuje variabilita klíčové skupiny TLR genů vrozené imunity, pro genetickou diagnostiku. TLR geny kódují řadu deseti tzv. Toll-like receptorů, na něž navazuje signální dráha, která aktivuje obrannou odpověď už na úrovni přepisu genů. Metodika zahrnula určení těch variant TLR genů, které se vyskytují v domácích populacích dojeného skotu na základě provedeného výzkumu. Ten byl založen na resekvenování vybraných genů pomocí sekvenování nové generace. Druhým kritériem je počítačová předpověď významného efektu změny na úrovni bílkoviny. Třetím kritériem pro zařazení jsou údaje, které byly o účinku konkrétních mutací publikovány pro světové populace. Ty jsou v metodice uvedeny a měly by poskytnout podklady pro jejich šlechtitelské využití výsledků testů. Údaje o efektech budou průběžně doplňovány výsledky validace efektů u mléčného skotu na základě ukončeného projektu NAZV QJ1610489 a potenciálních dalších výzkumů, zejména na základě dat zjišťovaných po rozšíření metodiky. Technicky je metodika založena na amplifikaci vybraných úseků z genů TLR ze vzorků genomické DNA skotu a následném provádění genotypovacích reakcí na těchto fragmentech. Ty jsou typu extenze primeru (SNaPshot v komerční variantě). Kromě ekonomického přínosu metodiky pro šlechtění je třeba brát zřetel na omezení používání antibiotik, zlepšení wellfare zvířat a také stabilitu odvětví pro případ epizootií. Šlechtění na zdravotní znaky je třeba považovat za součást trvale udržitelného zemědělství.

Type

N_metC - Methodology certified by the authorised body

CEP classification

—

OECD FORD branch

40203 - Husbandry

Project

<a href="/en/project/QJ1610489" target="_blank" >QJ1610489: Occurence of genetic factors for infection resistance in selected breeds of dairy cattle</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2018

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

978-80-7403-211-0

Regulation ID

11081-2018/ČPI

Technical parameters

Označení metodiky je Nmet 11081 - 2018_ČPIV. V rámci metodiky se provádí stanovení 14 genových variant se známým účinkem na infekční rezistenci v genech skotu TLR1, TLR2, TLR4 a TLR6. Jedná se o geny kódující klíčové prvky systému přirozené imunity, tzv. Toll-like receptory. Stanovení se provádí souběžně v sadách genotypovacích reakcí, tzv. multiplexech, pro snížení pracnosti a racionalizaci nákladů. Výběr variant odpovídá praktické použitelnosti ve šlechtění vzhledem ke známým efektům na zdravotní stav. Publikovaná populační data jsou podpořena výsledky počítačové predikce. Jsou zahrnuty pouze varianty přítomné v populacích českého strakatého skotu a české červinky podle výsledků resekvenování. Smlouva o využití metodiky byla uzavřena dne 3.12.2018 s firmou Schaumann ČR, s.r.o., IČ 6087289, zastoupenou Ing. Dušanem Kořínkem, Ph.D., prokuristou. Sídlo firmy je náměstí Svobody 35, 38701 Volyně, ČR, tel. +420 383 339 110.

Economical parameters

Hodnocení přínosu metodiky je rozpracováno v závěrečné zprávě projektu NAZV QJ1610489 (2016-2018). Zvýšení tržeb je odhadováno pro pětileté období 2019-2023 na 0,5 mln Kč ve VÚŽV (servisní genotypování býků), 3 mln Kč ze zhodnocení genotypovaných býků v CHD Impuls a dalších plemenářských organizacích ČR, případně jako snížení nákladů o 3,3 mln díky snížení nemocnosti dojnic o 1% v letech 2022 a 2023 při využívání genotypování v rozsahu metodiky. Zvýšení exportu inseminačních dávek genotypovaných býků lze velice opatrně odhadnout na 0,3 mln, zejména v exportu do veterinárně problematických regionů. Obtížně lze ekonomicky hodnotit zlepšení welfare zvířat, ale i to je třeba považovat za přínos projektu.

Certification body designation

Česká plemenářská inspekce

Date of certification

—

Method of use

C - Výsledek je využíván bez omezení okruhu uživatelů