Comparative evaluation of PCR assays for the robust molecular detection of Mycobacterium avium subsp. Paratuberculosis
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F04%3A%230000153" target="_blank" >RIV/00027162:_____/04:#0000153 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
angličtina
Original language name
Comparative evaluation of PCR assays for the robust molecular detection of Mycobacterium avium subsp. Paratuberculosis
Original language description
M.a.paratuberculosis (MAP) can cause paratuberculosis, especially ruminants. The aim of this study was to develop a molecular method for routine detection and identification of MAP, from tissue samples of animal origin. For DNA extraction we used one in-house, and one commercial method, and for the PCR we assessed a number of different assay: a one-tube nested, 2 two-tube nested, and a single PCR assay, targeted to different genomic regions of the IS900 elements. These four methods were applied on positive and negative control, bacterial cultures and formalin-fixed paraffin-embedded tissue samples collected from catlle with MAP and chicken with M.a.avium infection. The one-tube nested PCR assay was the best.
Czech name
Srovnávací evaluace PCR technik za účelem robustní molekulární detekce Mycobacterium avium subsp. Paratuberculosis
Czech description
M.a.paratuberculosis (MAP) způsobuje paratuberkulózu zejména u přežvýkavců. Cílem této studie bylo vyvinout molekulární metodu, kterou by bylo možné použít při rutinní detekci a identifikaci MAP z tkání infikovaných přežvýkavců. DNA byla izolována dvěmazpůsoby, jednak "home made" metodou a jednak dle komerčního kitu dle instrukcí výrobce. Následně byly aplikovány čtyři PCR systémy: "one-tube nested", dvě "two-tube nested" a jednoduchá PCR. Jako cílová sekvence se v jednotlivých PCR použila některá z částí specifické sekvence IS900. Tyto čtyři PCR systémy byly testovány jak na pozitivních tak negativních kontrolách, bakteriálních kulturách a infikovaných tkáních ze skotu a drůbeže zalitých do formalin-parafinových bločků. Jako nejlepší se jeví metoda "one-tube nested PCR".
Classification
Type
J<sub>x</sub> - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)
CEP classification
GJ - Diseases and animal vermin, veterinary medicine
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
—
Continuities
R - Projekt Ramcoveho programu EK
Others
Publication year
2004
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Name of the periodical
Journal of Microbiological Methods
ISSN
0167-7012
e-ISSN
—
Volume of the periodical
56
Issue of the periodical within the volume
3
Country of publishing house
NL - THE KINGDOM OF THE NETHERLANDS
Number of pages
7
Pages from-to
315-321
UT code for WoS article
—
EID of the result in the Scopus database
—