Quantification of qPCR standards using digital PCR
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F19%3AN0000029" target="_blank" >RIV/00027162:_____/19:N0000029 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="http://www.rank.cz/files/sbornik-RANK-2019.pdf" target="_blank" >http://www.rank.cz/files/sbornik-RANK-2019.pdf</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Kvantifikace qPCR standardů s využitím digitální PCR
Original language description
15. ročník konference RANK 2019, 6. a 7. února 2019 v prostorách hotelu Zlatá Štika v Pardubicích - poster. Kvantitativní real-time PCR (qPCR) je v současné době jedna z nejčastěji využívaných molekulárně biologických metod pro detekci a kvantifikaci různých mikrobiálních patogenů. Pro kvantifikaci je nezbytné sestrojení kalibrační křivky ze standardů obsahujících známé množství kopií plazmidů, genomové DNA nebo jiných molekul nukleových kyselin. Přesné stanovení množství kopií nukleové kyseliny ve standardu je proto zásadní pro správnou kvantifikaci patogenů ve vzorku. Nejčastěji se pro tyto účely využívá spektrofotometrické měření absorbance nukleové kyseliny, nicméně nedostatečná čistota může ovlivnit výsledky měření a následné naředění qPCR standardů. Digitální PCR (dPCR), jež umožňuje absolutní kvantifikaci cílové sekvence nukleové kyseliny, není na rozdíl od qPCR závislá na sestrojení kalibrační křivky, proto se jeví slibným nástrojem pro nezávislé ověřování qPCR standardů. Principem dPCR je rozdělení výchozího vzorku do několika tisíců reakčních oddílů, ve kterých probíhá odděleně amplifikace nukleové kyseliny. Reakčními oddíly mohou být emulzní kapénky (dropletová dPCR) nebo jamky umístěné na malém digitálním mikročipu (čipová dPCR). Po amplifikaci jsou spočítány pozitivní a negativní reakční oddíly na základě přítomnosti či nepřítomnosti fluorescenčního signálu. Pozitivní reakční oddíly, které obsahovaly alespoň jednu cílovou molekulu nukleové kyseliny, jsou následně využity pro výpočet koncentrace s použitím Poissonovy statistiky. Cílem práce bylo stanovit a porovnat koncentrace 48 qPCR standardů pomocí dPCR a zjistit vliv použití různých izolačních kitů na přípravu qPCR standardů.
Czech name
Kvantifikace qPCR standardů s využitím digitální PCR
Czech description
15. ročník konference RANK 2019, 6. a 7. února 2019 v prostorách hotelu Zlatá Štika v Pardubicích - poster. Kvantitativní real-time PCR (qPCR) je v současné době jedna z nejčastěji využívaných molekulárně biologických metod pro detekci a kvantifikaci různých mikrobiálních patogenů. Pro kvantifikaci je nezbytné sestrojení kalibrační křivky ze standardů obsahujících známé množství kopií plazmidů, genomové DNA nebo jiných molekul nukleových kyselin. Přesné stanovení množství kopií nukleové kyseliny ve standardu je proto zásadní pro správnou kvantifikaci patogenů ve vzorku. Nejčastěji se pro tyto účely využívá spektrofotometrické měření absorbance nukleové kyseliny, nicméně nedostatečná čistota může ovlivnit výsledky měření a následné naředění qPCR standardů. Digitální PCR (dPCR), jež umožňuje absolutní kvantifikaci cílové sekvence nukleové kyseliny, není na rozdíl od qPCR závislá na sestrojení kalibrační křivky, proto se jeví slibným nástrojem pro nezávislé ověřování qPCR standardů. Principem dPCR je rozdělení výchozího vzorku do několika tisíců reakčních oddílů, ve kterých probíhá odděleně amplifikace nukleové kyseliny. Reakčními oddíly mohou být emulzní kapénky (dropletová dPCR) nebo jamky umístěné na malém digitálním mikročipu (čipová dPCR). Po amplifikaci jsou spočítány pozitivní a negativní reakční oddíly na základě přítomnosti či nepřítomnosti fluorescenčního signálu. Pozitivní reakční oddíly, které obsahovaly alespoň jednu cílovou molekulu nukleové kyseliny, jsou následně využity pro výpočet koncentrace s použitím Poissonovy statistiky. Cílem práce bylo stanovit a porovnat koncentrace 48 qPCR standardů pomocí dPCR a zjistit vliv použití různých izolačních kitů na přípravu qPCR standardů.
Classification
Type
O - Miscellaneous
CEP classification
—
OECD FORD branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
Result continuities
Project
<a href="/en/project/QK1810212" target="_blank" >QK1810212: Rapid, complex and multiplex methods for simultaneous detection of food-borne pathogens in food of animal and plant origin</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Others
Publication year
2019
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů