Magnetic separation method as a tool for more effective mycobacterial detection?

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F19%3AN0000030" target="_blank" >RIV/00027162:_____/19:N0000030 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="http://www.rank.cz/files/sbornik-RANK-2019.pdf" target="_blank" >http://www.rank.cz/files/sbornik-RANK-2019.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Metoda magnetických separací jako nástroj pro účinnější detekci mykobakterií?

Original language description

15. ročník konference RANK 2019, 6. a 7. února 2019 v prostorách hotelu Zlatá Štika v Pardubicích – poster. Metoda magnetických separací (MS) se používá s cílem koncentrovat patogeny ze vstupní matrice do minimálního objemu a získat DNA v dostatečném množství a čistotě. Mykobakterie jsou odpovědné za onemocnění u lidí a zvířat, obecně nazývané jako mykobakteriózy. Principu MS lze použít i pro izolaci Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP), které je původcem závažného onemocnění skotu, granulomatózní enteritidy – paratuberkulózy neboli tzv. Johneho choroby. Toto onemocnění je charakterizované zejména průjmem a ztrátou tělesné hmotnosti a postihuje kromě skotu také ostatní hospodářská zvířata, jako jsou ovce a kozy. Vyskytuje se také u volně žijících druhů, jako jsou jeleni, daňci, mufloni a divoká prasata. MAP je navíc podezříváno ze zoonotického potenciálu, přispívající k rozvoji humánní Crohnovy choroby. Hlavními důvody pro zlepšování detekčních metod pro MAP jsou tedy zdraví zvířat a lidí prostřednictvím sledování výskytu MAP v potravním řetězci (maso, mléko nebo mléčné výrobky). Pro detekci MAP se využívají různé typy matric (mléko, kolostrum, trus, tkáně nebo krev). Izolaci MAP z těchto typů matric však komplikuje přítomnost mnoha inhibičních látek. MS umožňuje selektivní separaci buď samotné DNA, nebo celé buňky cílové bakterie od jiných necílových mikroorganismů a inhibičních látek s cílem koncentrovat cílové bakterie ze vstupní matrice do menšího objemu a dosáhnout tak maximální výtěžnosti. V rámci experimentu byla otestována účinnost izolace MAP DNA pomocí komerčně dostupných izolačních kitů využívajících jak metodu MS, tak klasické silikátové kolonky. Pro hledání nejvhodnějšího izolačního kitu byly použity všechny komerčně dostupné kity pro izolaci DNA z mléka (testováno celkem 6 kitů, 5 magnetických, 1 se silikátovými kolonkami) a trusu (testováno celkem 12 kitů, 4 magnetické, 8 se silikátovými kolonkami). Účinnosti izolací obou typů izolačních metod a matric byly následně statisticky vyhodnoceny.

Czech name

Metoda magnetických separací jako nástroj pro účinnější detekci mykobakterií?

Czech description

15. ročník konference RANK 2019, 6. a 7. února 2019 v prostorách hotelu Zlatá Štika v Pardubicích – poster. Metoda magnetických separací (MS) se používá s cílem koncentrovat patogeny ze vstupní matrice do minimálního objemu a získat DNA v dostatečném množství a čistotě. Mykobakterie jsou odpovědné za onemocnění u lidí a zvířat, obecně nazývané jako mykobakteriózy. Principu MS lze použít i pro izolaci Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP), které je původcem závažného onemocnění skotu, granulomatózní enteritidy – paratuberkulózy neboli tzv. Johneho choroby. Toto onemocnění je charakterizované zejména průjmem a ztrátou tělesné hmotnosti a postihuje kromě skotu také ostatní hospodářská zvířata, jako jsou ovce a kozy. Vyskytuje se také u volně žijících druhů, jako jsou jeleni, daňci, mufloni a divoká prasata. MAP je navíc podezříváno ze zoonotického potenciálu, přispívající k rozvoji humánní Crohnovy choroby. Hlavními důvody pro zlepšování detekčních metod pro MAP jsou tedy zdraví zvířat a lidí prostřednictvím sledování výskytu MAP v potravním řetězci (maso, mléko nebo mléčné výrobky). Pro detekci MAP se využívají různé typy matric (mléko, kolostrum, trus, tkáně nebo krev). Izolaci MAP z těchto typů matric však komplikuje přítomnost mnoha inhibičních látek. MS umožňuje selektivní separaci buď samotné DNA, nebo celé buňky cílové bakterie od jiných necílových mikroorganismů a inhibičních látek s cílem koncentrovat cílové bakterie ze vstupní matrice do menšího objemu a dosáhnout tak maximální výtěžnosti. V rámci experimentu byla otestována účinnost izolace MAP DNA pomocí komerčně dostupných izolačních kitů využívajících jak metodu MS, tak klasické silikátové kolonky. Pro hledání nejvhodnějšího izolačního kitu byly použity všechny komerčně dostupné kity pro izolaci DNA z mléka (testováno celkem 6 kitů, 5 magnetických, 1 se silikátovými kolonkami) a trusu (testováno celkem 12 kitů, 4 magnetické, 8 se silikátovými kolonkami). Účinnosti izolací obou typů izolačních metod a matric byly následně statisticky vyhodnoceny.

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

—

OECD FORD branch

10608 - Biochemistry and molecular biology

Project

—

Continuities

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2019

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů