Multiplex TaqMan qPCR assay for rapid detection and quantification of pro-inflammatory microalgae Prototheca spp. in milk samples
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F21%3AN0000061" target="_blank" >RIV/00027162:_____/21:N0000061 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="https://www.vri.cz/wp-content/uploads/2021/04/FV1056_Final_Bacova.pdf" target="_blank" >https://www.vri.cz/wp-content/uploads/2021/04/FV1056_Final_Bacova.pdf</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Multiplexní systém TaqMan qPCR pro stanovení a kvantifikaci potenciálně patogenních mikrořas rodu Prototheca ve vzorcích mléka
Original language description
Prototékóza u zvířat či lidí je způsobena achlorofylními řasami rodu Prototheca a patří k poměrně vzácným endemickým prozánětlivým infekcím. Zejména P. bovis (dříve Prototheca zopfii genotyp 2) je často skloňována jako nebakteriální původce mastitidy skotu. V této studii představujeme multiplexní systém real-time PCR (qPCR) pro rychlou a přesnou detekci a kvantifikaci prototék. Byl stanoven limit detekce, diagnostická citlivost a specificita. Byly vybrány specifické sekvence v genech AccD (kódující acetyl CoA reduktázu) pro P. bovis, cox1 (kódující podjednotku 1 cytochrom C oxidázy) pro P. wickerhamii, cytB (kódující cytochrom B) pro P. blashkeae a atp6 (kódující transportní ATPázu). Pro identifikaci a kvantifikaci druhů byla použita podjednotka F0 6) pro P. ciferrii (dříve Prototheca zopfii genotyp 1) spolu s genem, kódujícím sekvenci velké ribozomální podnednotky RNA, detekující rod Prototheca. Nová metodika qPCR byla aplikována na 55 jednotlivých vzorků kravského mléka ze stáda podezřelého z prototékózy, 41 objemových vzorků mléka z různých českých farem, 16 vzorků mléka v krabicích zakoupených v supermarketech a 21 vzorků životního prostředí pocházejících z farmy podezřelé z prototekózy.
Czech name
Multiplexní systém TaqMan qPCR pro stanovení a kvantifikaci potenciálně patogenních mikrořas rodu Prototheca ve vzorcích mléka
Czech description
—
Classification
Type
G<sub>funk</sub> - Functional sample
CEP classification
—
OECD FORD branch
40201 - Animal and dairy science; (Animal biotechnology to be 4.4)
Result continuities
Project
<a href="/en/project/QK1910092" target="_blank" >QK1910092: Non-bacterial agents of mastitis and their influence on the quality and technological properties of milk</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Others
Publication year
2021
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
1056/2021
Numerical identification
ISBN 978-80-7672-007-7
Technical parameters
Pro vývoj detekčního systému byly vybrány nejčastěji se vyskytující druhy prototéky v prostředí mléčných farem: P. bovis, P. blashkeae, P. ciferrii a lidský patogen P. wickerhamii. Následně byl vypracován návrh detekčního systému, který se skládá ze dvou multiplexů. Funkční vzorek obsahuje ucelené informace o přípravě vzorků mléka, izolaci DNA, návrhu unikátních specifických primerů a fluorescenčních sond. Dále byly optimalizovány parametry qPCR, včetně složek reakční směsi. Byla provedena absolutní kvantifikace počtu kopií genů, která vycházela z klonování specifických úseků do bakteriální plazmidové DNA. Pro vzorky z farem byla spočtena diagnostická specificita a senzitivita a limit detekce.
Economical parameters
Pro diagnosticky vybavenou laboratoř spočívají náklady v pořízení spotřebního materiálu, chemikálií, syntézu oligonukleotidů a zejména soupravy pro izolaci DNA a kitu pro qPCR. Vzorek je analyzován v duplikátu a náklady na materiál na vyšetření jednoho vzorku (bez DPH) se pohybují kolem 780 Kč za vzorek, a to včetně použití standardů a kontrol. Tato práce je podpořena Ministerstvem zemědělství [QK1910092] a podporou Ministerstva zemdělství [MZE-RO0518].
Application category by cost
—
Owner IČO
00027162
Owner name
Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i.
Owner country
CZ - CZECH REPUBLIC
Usage type
A - K využití výsledku jiným subjektem je vždy nutné nabytí licence
Licence fee requirement
A - Poskytovatel licence na výsledek požaduje licenční poplatek
Web page
https://www.vri.cz/wp-content/uploads/2021/04/FV1056_Final_Bacova.pdf