Multiplex system for the determination of selected Protozoa in young small ruminants using the MOL-PCR method
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F22%3AN0000220" target="_blank" >RIV/00027162:_____/22:N0000220 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="https://www.vri.cz/wp-content/uploads/2022/12/FV5083_FinalMarkova.pdf" target="_blank" >https://www.vri.cz/wp-content/uploads/2022/12/FV5083_FinalMarkova.pdf</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Multiplexní systém pro stanovení vybraných zástupců Protozoa u mláďat malých přežvýkavců pomocí metody MOL-PCR
Original language description
Metodika funkčního vzorku popisuje PCR s multiplexní oligonukleotidovou ligací (MOL-PCR) pro diagnostiku vybraných protozoálních parazitů způsobujících průjmy mláďat malých přežvýkavců v prvních týdnech po narození (Cryptosporidium spp., Eimeria spp., Giardia intestinalis). Do diagnostického panelu byla zařazena také Cryptosporidium parvum jako potenciálně zoonotický druh. Pro lepší optimalizaci byly do detekčního systému zahrnuty dvě bakterie způsobující střevní infekce u mladých jedinců a to Salmonella enterica a Escherichia coli. Tento diagnostický prostředek umožňuje multiplexní in vitro detekci parazitární a bakteriální DNA ve vzorcích výkalů jehňat a kůzlat a to v rámci jedné reakce. Diagnostický nástroj také obsahuje interní kontrolu sloužící ke kontrole správného průběhu MOL-PCR. Vývoj detekční soupravy v rámci funkčního vzorku je jedním z výstupů při řešení projektu Ministerstva Zemědělství QK1910082.
Czech name
Multiplexní systém pro stanovení vybraných zástupců Protozoa u mláďat malých přežvýkavců pomocí metody MOL-PCR
Czech description
—
Classification
Type
G<sub>funk</sub> - Functional sample
CEP classification
—
OECD FORD branch
40301 - Veterinary science
Result continuities
Project
<a href="/en/project/QK1910082" target="_blank" >QK1910082: Addressing the problem of the occurrence of bacterial, protozoan and viral zoonotic agents in small ruminant breeds</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Others
Publication year
2022
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
5083/2022
Numerical identification
ISBN 978-80-7672-029-9
Technical parameters
Pro vývoj detekčního systému využívající tzv. xMAP technologii na přístrojové platformě MagPix byly vybrány protozoální parazité způsobující průjmy jehňat a kůzlat v prvních týdnech po narození (Cryptosporidium spp., Eimeria spp., Giardia intestinalis) a Cryptosporidium parvum jako potenciálně zoonotický druh. Pro lepší optimalizaci diagnostického panelu byly také zařazeny dvě bakterie způsobující střevní infekce u mladých jedinců a to Salmonella enterica a Escherichia coli. Diagnostický systém využívá kombinaci xMAP technologie (Luminex corporation, USA), ligační reakce a polymerázové řetězové reakce (PCR) se specifickými oligonukleotidy cílenými na unikátní oblasti v genomu těchto vybraných protozoálních a bakteriálních druhů. Součástí každé reakce je interní kontrola sloužící ke kontrole průběhu PCR odhalující možnou falešnou negativitu způsobenou inhibicí u analyzovaného vzorku.
Economical parameters
Diagnosticky vybavená laboratoř vynaloží náklady spojené s analýzami zejména na syntézu oligonukleotidů, pořízení spotřebního materiálu, pořízení souprav k extrakci DNA, chemikálií a enzymů pro ligační esej, pro PCR reakci a hybridizaci včetně magnetických mikrosfér. Cena materiálu na vyšetření jednoho vzorku v duplikátu se pohybuje kolem 700 Kč (bez DPH). Při zavedení funkčního vzorku do diagnostické praxe se však ušetří náklady spojené s analýzou vzhledem k její komplexnosti. Komplexní a rychlý průkaz jednotlivých parazitů (příp. bakterií) v závislosti na věku zvířat tedy přispívá k cílenější diagnostice onemocnění mláďat, k efektivnějším způsobům léčby a k lepší prevenci průjmových či dalších infekčních onemocnění. To vše vede v širším měřítku ke zlepšení ekonomiky chovu.
Application category by cost
—
Owner IČO
00027162
Owner name
Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i.
Owner country
CZ - CZECH REPUBLIC
Usage type
A - K využití výsledku jiným subjektem je vždy nutné nabytí licence
Licence fee requirement
A - Poskytovatel licence na výsledek požaduje licenční poplatek
Web page
https://www.vri.cz/wp-content/uploads/2022/12/FV5083_FinalMarkova.pdf