Diagnostic set for the detection of pig pathogens by multiplex real time PCR

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F24%3AN0000096" target="_blank" >RIV/00027162:_____/24:N0000096 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Diagnostická souprava pro multiplexní průkaz patogenů prasat pomocí real time PCR

Original language description

Předmětem funkčního vzorku je sada 16 PCR ve formátu SybrGreen, která umožňuje vzájemné kvantitativní porovnání všech cílových taxonů ve vyšetřovaném vzorku. Mezi cílové organismy byly zahrnuty patogenní baktérie, které se nejčastěji vyskytují v trávicím traktu prasat. Jedná se tedy o Clostridium perfringens, Clostridiodes dificille, Salmonella enterica, Brachyspira pilosicoli, Brachyspira hyodysenteriae, Lawsonia intracellularis, tři druhy rodu Campylobacter (Campylobacter jejuni, Campylobacter coli a Campylobacter lari) a různé kmeny E. coli, včetně „celkové“ E. coli, enterotoxigenní E. coli (termolabilní LT toxin a termostabilní STa toxin) a verotoxigenní E. coli (verotoxin VT2e, VT2a a VT1).

Czech name

Diagnostická souprava pro multiplexní průkaz patogenů prasat pomocí real time PCR

Czech description

—

Type

G_funk - Functional sample

CEP classification

—

OECD FORD branch

40301 - Veterinary science

Project

<a href="/en/project/QK23020036" target="_blank" >QK23020036: Sustainable piglet production before and after weaning associated with improved welfare</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2024

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

5304/2024

Numerical identification

—

Technical parameters

Sada PCR je primárně určena pro kvantifikaci patogenů u selat a prasat s nejasnými klinickými projevy infekce. Sada PCR se ale dá použít i ve smyslu projektů na farmách. Jednou z možností je klasifikace prasnic na základě přítomnosti enterotoxigenních E. coli v jejich střevní mikroflóře a odlišném managementu selat od vysoce a nízce pozitivních prasnic. Naopak minimální zastoupení Cl. perfringens a absence Cl. difficile u prasnic ukazuje, že u selat je tato infekce zejména environmentálního původu. O to více ale stojí za to sledovat absolutní zastoupení těchto agens, protože pozitivní jsou skoro všechna selata před odstavem a jen prostý kultivační průkaz nebo průkaz pomocí kvalitativní PCR nemá smysl.

Economical parameters

Tento funkční vzor zjednodušuje diagnostiku, protože místo vícero kultivačních vyšetření stačí jednou izolovat DNA a poté provést PCR na 15 různých cílů. Místo 15 samostatných vyšetření se tak provede jedno jediné. Celková cena za stanovení všech 15 cílů ve vyšetřovaném vzorku je do 2000 Kč, což je sice více než jedno cílené kultivační vyšetření, ale pokud by se jednalo o dvě nezávislé kultivace, např. na přítomnost E. coli a Salmonella s došetřením získaných E. coli na přítomnost genů pro enterotoxiny, navrhovaná multiplex PCR již vyjde levněji. Navíc izolovanou DNA ze vzorků lze využít na vyšetření dalších cílů až včetně metagenomického sekvenování. Izolovanou DNA lze po dohodě s chovateli dlouhodobě skladovat a vytvářet tak postupně databanku DNA z trusu hospodářských zvířat. I samotný majitel může retrospektivně požádat o nové vyšetření z uchované DNA, anebo se tento materiál dá použít obecně, anonymně, k retrospektivnímu došetření na přítomnost patogenů, které se teprve v budoucnu objeví.

Application category by cost

—

Owner IČO

00027162

Owner name

Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v. v. i., Hudcova 296/70, 621 00 Brno, Medlánky, Česká republika

Owner country

CZ - CZECH REPUBLIC

Usage type

N - Využití výsledku jiným subjektem je možné bez nabytí licence (výsledek není licencován)

Licence fee requirement

N - Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje licenční poplatek

Web page

—