The role of sequence analysis of wild-type varicella-zoster virus (VZV) in epidemiological and evolutionary characterization of VZV: focus on epidemiologic situation in Czech Republic

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11150%2F10%3A10082842" target="_blank" >RIV/00216208:11150/10:10082842 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/00179906:_____/10:10082842

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Využití sekvenční analýzy divokých kmenů viru planých neštovic (VZV) v epidemiologické a evoluční charakterizaci VZV, se zaměřením na epidemiologickou situaci v České republice

Original language description

V naší studii jsme podrobili molekulárně genetické analýze soubor 153 klinických vzorků, pocházejících výhradně z České republiky. Sběr byl uskutečněn mezi roky 2005-2009. Metoda real-time PCR detekující markery v oblastech ORF 38, 54 a 62 umožnila rozlišení mezi divokými a vakcinačními kmeny VZV. Typizace jednotlivých divokých kmenů pak byla vyšetřena pomocí sekvenační analýzy fragmentů deoxyribonukleové kyseliny (DNA) z oblasti ORF 21, 22 a 50, se zaměřením na zachycení změn v jednotlivých nukleotidových bázích, tzv. single nucleotide polymorphism (SNP). Z celkového počtu 153 vyšetřených klinických vzorků bylo 95 případů určeno jako varicella a 57 případů jako zoster. Jeden vzorek byl VZV negativní. Všech 152 pozitivních případů patřilo mezi divoké kmeny VZV, z toho 71 (tj. 47 %) bylo vyhodnoceno jako E1 kmen a 81 (tj. 53 %) bylo typizováno jako E2 kmen. Do vyšetřované skupiny pacientů nebyli zahrnuti ti, kteří v dotazníku udali pozitivní informaci o očkování proti VZV.

Czech name

Využití sekvenční analýzy divokých kmenů viru planých neštovic (VZV) v epidemiologické a evoluční charakterizaci VZV, se zaměřením na epidemiologickou situaci v České republice

Czech description

V naší studii jsme podrobili molekulárně genetické analýze soubor 153 klinických vzorků, pocházejících výhradně z České republiky. Sběr byl uskutečněn mezi roky 2005-2009. Metoda real-time PCR detekující markery v oblastech ORF 38, 54 a 62 umožnila rozlišení mezi divokými a vakcinačními kmeny VZV. Typizace jednotlivých divokých kmenů pak byla vyšetřena pomocí sekvenační analýzy fragmentů deoxyribonukleové kyseliny (DNA) z oblasti ORF 21, 22 a 50, se zaměřením na zachycení změn v jednotlivých nukleotidových bázích, tzv. single nucleotide polymorphism (SNP). Z celkového počtu 153 vyšetřených klinických vzorků bylo 95 případů určeno jako varicella a 57 případů jako zoster. Jeden vzorek byl VZV negativní. Všech 152 pozitivních případů patřilo mezi divoké kmeny VZV, z toho 71 (tj. 47 %) bylo vyhodnoceno jako E1 kmen a 81 (tj. 53 %) bylo typizováno jako E2 kmen. Do vyšetřované skupiny pacientů nebyli zahrnuti ti, kteří v dotazníku udali pozitivní informaci o očkování proti VZV.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EE - Microbiology, virology

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2010

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Vakcinologie (Vaccinology.)

ISSN

1802-3150

e-ISSN

—

Volume of the periodical

4

Issue of the periodical within the volume

2

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

5

Pages from-to

—

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—