Sequencing analysis of wild type VZV

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60162694%3AG44__%2F10%3A00002229" target="_blank" >RIV/60162694:G44__/10:00002229 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Využití sekvenční analýzy divokých kmenů viru planých neštovic se zaměřením na epidemiologickou situaci v České republice

Original language description

V naší studii jsme podrobili molekulárně genetické analýze soubor 153 klinických vzorků, pocházejících výhradně z České republiky. Sběr byl uskutečněn mezi roky 2005-2009. Metoda real-time PCR detekující markery v oblastech ORF 38, 54 a 62 umožnila rozlišení mezi divokými a vakcinačními kmeny VZV. Typizace jednotlivých divokých kmenů pak byla vyšetřena pomocí sekvenační analýzy fragmentů deoxyribonukleové kyseliny (DNA) z oblasti ORF 21, 22 a 50, se zaměřením na zachycení změn v jednotlivých nukleotidových bázích, tzv. single nucleotide polymorphism (SNP). Z celkového počtu 153 vyšetřených klinických vzorků bylo 95 případů určeno jako varicella a 57 případů jako zoster. Jeden vzorek byl VZV negativní. Všech 152 pozitivních případů patřilo mezi divoké kmeny VZV, z toho 71 (tj. 47 %) bylo vyhodnoceno jako E1 kmen a 81 (tj. 53 %) bylo typizováno jako E2 kmen. Do vyšetřované skupiny pacientů nebyli zahrnuti ti, kteří v dotazníku udali pozitivní informaci o očkování proti VZV.

Czech name

Využití sekvenční analýzy divokých kmenů viru planých neštovic se zaměřením na epidemiologickou situaci v České republice

Czech description

V naší studii jsme podrobili molekulárně genetické analýze soubor 153 klinických vzorků, pocházejících výhradně z České republiky. Sběr byl uskutečněn mezi roky 2005-2009. Metoda real-time PCR detekující markery v oblastech ORF 38, 54 a 62 umožnila rozlišení mezi divokými a vakcinačními kmeny VZV. Typizace jednotlivých divokých kmenů pak byla vyšetřena pomocí sekvenační analýzy fragmentů deoxyribonukleové kyseliny (DNA) z oblasti ORF 21, 22 a 50, se zaměřením na zachycení změn v jednotlivých nukleotidových bázích, tzv. single nucleotide polymorphism (SNP). Z celkového počtu 153 vyšetřených klinických vzorků bylo 95 případů určeno jako varicella a 57 případů jako zoster. Jeden vzorek byl VZV negativní. Všech 152 pozitivních případů patřilo mezi divoké kmeny VZV, z toho 71 (tj. 47 %) bylo vyhodnoceno jako E1 kmen a 81 (tj. 53 %) bylo typizováno jako E2 kmen. Do vyšetřované skupiny pacientů nebyli zahrnuti ti, kteří v dotazníku udali pozitivní informaci o očkování proti VZV.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EE - Microbiology, virology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/GAP304%2F10%2F1161" target="_blank" >GAP304/10/1161: Role of virus-associated host-derived proteins in virus induced T cell dysfunction</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2010

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Vakcinologie

ISSN

1802-3150

e-ISSN

—

Volume of the periodical

4

Issue of the periodical within the volume

2

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

5

Pages from-to

—

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—