Restriction mapping of closely related spirochetes of the genus Treponema

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F04%3A00012105" target="_blank" >RIV/00216224:14110/04:00012105 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema

Original language description

Na základě kompletní sekvence genomu T. pallidum subsp. pallidum (Fraser a kol., 1998) bylo vymezeno 81 oblastí (TPI intervaly) v rámci celého genomu T. pallidum subsp. pallidum a pro každou oblast byla navržena kombinace příslušných primerů. Každý z těchto intervalů byl amplifikován pomocí XL PCR a PCR produkty byly štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III (nebo Spe I, Xba I a Xho I). Takto získaný profil byl použit k determinaci heterologních úseků DNA jednotlivých treponemálních kmenů. Heterologní oblasti budou dále sekvenovány a charakterizovány. Velikost amplifikovaných oblastí byla mezi 1778 bp (TPI76) a 27138 bp (TPI62). Doposud byl získán restrikční profil 32 oblastí (33 % genomu) u studovaných treponemálních kmenů. Pouze u jedné ztěchto oblastí (TPI48) byl zjištěn rozdíl ve velikosti amplifikovaného PCR produktu u T. paraluiscuniculi oproti zbývajícím treponemálním kmenům. Jedná se o deleci o velikosti přibližně 1 kb. Interval TPI48 je dlouhý 11460 bp a zahrnuje

Czech name

Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema

Czech description

Na základě kompletní sekvence genomu T. pallidum subsp. pallidum (Fraser a kol., 1998) bylo vymezeno 81 oblastí (TPI intervaly) v rámci celého genomu T. pallidum subsp. pallidum a pro každou oblast byla navržena kombinace příslušných primerů. Každý z těchto intervalů byl amplifikován pomocí XL PCR a PCR produkty byly štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III (nebo Spe I, Xba I a Xho I). Takto získaný profil byl použit k determinaci heterologních úseků DNA jednotlivých treponemálních kmenů. Heterologní oblasti budou dále sekvenovány a charakterizovány. Velikost amplifikovaných oblastí byla mezi 1778 bp (TPI76) a 27138 bp (TPI62). Doposud byl získán restrikční profil 32 oblastí (33 % genomu) u studovaných treponemálních kmenů. Pouze u jedné ztěchto oblastí (TPI48) byl zjištěn rozdíl ve velikosti amplifikovaného PCR produktu u T. paraluiscuniculi oproti zbývajícím treponemálním kmenům. Jedná se o deleci o velikosti přibližně 1 kb. Interval TPI48 je dlouhý 11460 bp a zahrnuje

Type

D - Article in proceedings

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2004

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Article name in the collection

Sborník abstraktů XIII. konference mladých mikrobiologů Tomáškovy dny 2004

ISBN

—

ISSN

—

e-ISSN

—

Number of pages

2

Pages from-to

16-17

Publisher name

Lékařská fakulta MU

Place of publication

Brno

Event location

Brno, Komenského nam. 2

Event date

Jun 2, 2004

Type of event by nationality

CST - Celostátní akce

UT code for WoS article

—