Sequencing of the genome of T. pallidum subsp. pertenue strain Samoa D
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F06%3A00016082" target="_blank" >RIV/00216224:14110/06:00016082 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Sekvenace heterologních oblastí genomu T. pallidum sussp. pertenue kmene Samoan D: cesta ke kompletní genomové sekvenci původce yaws.
Original language description
Cíl: Cílem práce bylo amplifikovat heterologní oblasti genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoan D zjištěné metodou komparativní genomové sekvenace (CGS) a přispět tak k získání kompletní genomové sekvence původce yaws. Metodou přímého sekvenováníPCR produktů jsme vyšetřili 68 z 82 heterologních oblastí a nalezli jsme sekvenční změny charakteru jednonukleotidových záměn a krátkých delecí a inzercí. U oblastí delších, kde je nutno používat pro sekvenování také interní primery, dochází často k situaci, že primery nenasedají, neboť v jejich komplementárním místě je sekvenční změna oproti kmeni Nichols. Sekvenční rozdíly zjištěné DDT sekvenováním heterologních úseků budou použity pro dokončení kompletní genomové sekvence kmene Samoan D.
Czech name
Sekvenace heterologních oblastí genomu T. pallidum sussp. pertenue kmene Samoan D: cesta ke kompletní genomové sekvenci původce yaws.
Czech description
Cíl: Cílem práce bylo amplifikovat heterologní oblasti genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoan D zjištěné metodou komparativní genomové sekvenace (CGS) a přispět tak k získání kompletní genomové sekvence původce yaws. Metodou přímého sekvenováníPCR produktů jsme vyšetřili 68 z 82 heterologních oblastí a nalezli jsme sekvenční změny charakteru jednonukleotidových záměn a krátkých delecí a inzercí. U oblastí delších, kde je nutno používat pro sekvenování také interní primery, dochází často k situaci, že primery nenasedají, neboť v jejich komplementárním místě je sekvenční změna oproti kmeni Nichols. Sekvenční rozdíly zjištěné DDT sekvenováním heterologních úseků budou použity pro dokončení kompletní genomové sekvence kmene Samoan D.
Classification
Type
O - Miscellaneous
CEP classification
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.
Continuities
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Others
Publication year
2006
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů