Statistical approaches for identification of areas of DNA alteration analyzed by CGH arrays

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F06%3A00019087" target="_blank" >RIV/00216224:14110/06:00019087 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Metody detekce alterovaných oblastí DNA z dat CGH arrays

Original language description

CGH arrays se v dnešní době staly významnou technikou v analýze genomu. Využívají se pro detekci změn v počtu kopií genů nebo chromozomů, popřípadě jiných chromosomových přestaveb. Základní metodou je porovnávání DNA vzorku a zdravé kontroly pomocí komparativní genomové hybridizace (CGH). Analýza genetické nestability u nádoru a s ní spojené hledání nádorových markerů se dá využít jak v diagnostice nádorů (klasifikace nádorů do již existujících skupin, hledání nových podskupin), tak i v predikci jejichodpovědi na léčbu. Výhodou technologie CGH arrays je možnost analýzy celého genomu v jediném experimentu. To ovšem znamená, že metoda produkuje velké množství dat, které musí být správně matematicky vyhodnoceny a základním cílem článku je tak představenítěchto matematických metod a jejich softwarové implementace.

Czech name

Metody detekce alterovaných oblastí DNA z dat CGH arrays

Czech description

CGH arrays se v dnešní době staly významnou technikou v analýze genomu. Využívají se pro detekci změn v počtu kopií genů nebo chromozomů, popřípadě jiných chromosomových přestaveb. Základní metodou je porovnávání DNA vzorku a zdravé kontroly pomocí komparativní genomové hybridizace (CGH). Analýza genetické nestability u nádoru a s ní spojené hledání nádorových markerů se dá využít jak v diagnostice nádorů (klasifikace nádorů do již existujících skupin, hledání nových podskupin), tak i v predikci jejichodpovědi na léčbu. Výhodou technologie CGH arrays je možnost analýzy celého genomu v jediném experimentu. To ovšem znamená, že metoda produkuje velké množství dat, které musí být správně matematicky vyhodnoceny a základním cílem článku je tak představenítěchto matematických metod a jejich softwarové implementace.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

BB - Applied statistics, operational research

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/NR9076" target="_blank" >NR9076: Gene expression profiling-based prediction of treatment response for patient with locally advanced rectal cancer treated by chemotherapy and radiotherapy</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2006

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Klinická onkologie, Supplementum

ISSN

0862-495X

e-ISSN

—

Volume of the periodical

19

Issue of the periodical within the volume

Prosinec

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

5

Pages from-to

368-372

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—