Whole genome sequencing methods: comparison of 3 methods used in the sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome.
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F08%3A00024753" target="_blank" >RIV/00216224:14110/08:00024753 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D.
Original language description
Treponema pallidum subsp. pertenue, původce tropického kožního onemocnění yaws, nelze morfologicky, serologicky ani imunologicky odlišit od poddruhu pallidum, původce venerologického onemocnění syfilis (Treponema pallidum subsp. pallidum). K určení podstaty rozdílů v klinické manifestaci obou onemocnění byla stanovena kompletní nukleotidová sekvence genomu T. pallidum subsp. pertenue. Sekvenace genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS,NimbleGen), pyrosekvencováním (454 Life Sciences) a metodou firmy Solexa. CGS umožňuje sekvenaci na základě hybridizace. Pyrosekvencování a Solexa umožňují sekvenaci na základě real time detekce inkorporace nukleotidů při polymerázové reakci. Kombinacísekvencí všech tří metod a referenční dideoxynukleotidové metody byla získána kompletní nukleotidová sekvence genomu T. pallidum subsp. pertenue Samoa D. Sangerovo sekvencování bylo použito pro sekvenaci paralogních a repetitivních oblast
Czech name
Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D.
Czech description
Treponema pallidum subsp. pertenue, původce tropického kožního onemocnění yaws, nelze morfologicky, serologicky ani imunologicky odlišit od poddruhu pallidum, původce venerologického onemocnění syfilis (Treponema pallidum subsp. pallidum). K určení podstaty rozdílů v klinické manifestaci obou onemocnění byla stanovena kompletní nukleotidová sekvence genomu T. pallidum subsp. pertenue. Sekvenace genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS,NimbleGen), pyrosekvencováním (454 Life Sciences) a metodou firmy Solexa. CGS umožňuje sekvenaci na základě hybridizace. Pyrosekvencování a Solexa umožňují sekvenaci na základě real time detekce inkorporace nukleotidů při polymerázové reakci. Kombinacísekvencí všech tří metod a referenční dideoxynukleotidové metody byla získána kompletní nukleotidová sekvence genomu T. pallidum subsp. pertenue Samoa D. Sangerovo sekvencování bylo použito pro sekvenaci paralogních a repetitivních oblast
Classification
Type
O - Miscellaneous
CEP classification
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.
Continuities
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Others
Publication year
2008
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů