Comparative phage genomics of family <I>Siphoviridae</I> in <I>Staphylococcus aureus</I>

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F04%3A00010414" target="_blank" >RIV/00216224:14310/04:00010414 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Comparative phage genomics of family <I>Siphoviridae</I> in <I>Staphylococcus aureus</I>

Original language description

The family Siphoviridae includes temperate bacteriophages that play an important role in biology of this species, usually changing its phenotype as a result of lysogenic conversion associated with some virulence factors. Understanding of bacteriophage carriage is important not only from an overall genomics standpoint concerning evolution and virulence of the bacterial strains but also in determination of a high genomic variability in S. aureus. In this work eighteen complete S. aureus temperate phage and prophage genomes of Siphoviridae were compared and classified into phage types. Thirteen complete phage sequences were obtained from GenBank database. The sequence of prophage resident in strain COL and those of MRSA strain 252 and MSSA strain 476 designated phi252A, phi252B, phi476A and phi476B were extracted from preliminary sequence data obtained from TIGR website (http://www.tigr.org/tdb/mdb/ mdbinprogress.html) and from the Sanger Institute (ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/pathogens/sa

Czech name

Srovnávací genomika fágů čeledi Siphoviridae u Staphylococcus aureus

Czech description

Čeleď Siphoviridae zahrnuje mírné bakteriofágy, které hrají významnou roli v biologii druhu S. aureus a obvykle mění jeho fenotyp lyzogenní konverzí spojenou s expresí několika genů pro faktory virulence. Znalost, jakou roli hraje lyzogenní stav má význam nejen z obecného molekulárně biologického hlediska týkajícího se virulence a evoluce stafylokokových kmenů, ale také pro stanovení značné genomové variability druhu S. aureus. V této práci bylo studováno 18 dokončených genomů mírných stafylokokových fágů nebo profágů čeledi Siphoviridae. Třináct genomů bylo převzato z databáze GenBank a dal?ích 5 bylo extrahováno z nedokončených stafylokokových genomů kmenů COL, MRSA 252 a MSSA 476. Pro klasifikaci 18 fágů do fágových typů a srovnání jejich genomů byly pou?ity metody bioinformatiky pro lokální a globální seřazení sekvencí, grafické vykreslení tečkových matricí a srovnání transkripčních map otevřených čtecích rámců. Provedená srovnávací analýza sekvencí genomů fágů ukázala jejich vysok

Type

D - Article in proceedings

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2004

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Article name in the collection

11th International Symposium on Staphylococci & Staphylococcal Infections. Plenary Summaries & Poster Abstracts

ISBN

—

ISSN

—

e-ISSN

—

Number of pages

1

Pages from-to

203

Publisher name

Medical University of South Carolina

Place of publication

Charleston, South Carolina, USA

Event location

Charleston, South Carolina, USA

Event date

Oct 24, 2004

Type of event by nationality

WRD - Celosvětová akce

UT code for WoS article

—