Proteomic and bioinformatic analysis of iron- and sulfur-oxidizing Acidithiobacillus ferrooxidans using immobilized pH gradients and mass spectrometry

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F06%3A00015727" target="_blank" >RIV/00216224:14310/06:00015727 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Proteomic and bioinformatic analysis of iron- and sulfur-oxidizing Acidithiobacillus ferrooxidans using immobilized pH gradients and mass spectrometry

Original language description

A comparative analysis of the protein composition of Acidithiobacillus ferrooxidans cells grown on elemental sulfur and ferrous iron was performed. A newly developed protocol involving immobilized pH gradients, improved protein reduction, mass spectrometry protein identification and full genome sequence information was applied. This approach resulted in more than 1300 protein spots displayed in broad and basic pH ranges, the best At. ferrooxidans proteome resolution to date. A comparative image analysisrevealed that the proteome was significantly influenced by the growth type, and allowed for the detection of many physiologically important proteins. Among them were sulfate adenylyltransferase and sulfide dehydrogenase, which are involved in sulfate assimilation and sulfide metabolism, respectively. Many other proteins were related to important processes like cell attachment and electron transport. Co-migration of phosphate and sulfate transport proteins was also observed.

Czech name

Proteomová a bioinformatická analýza bakterie Acidithiobacillus ferrooxidans rostlé na železe a síře pomocí mobilizovaných pH gradientů a hmotnostní spektrometrie

Czech description

Byla provedena komparativní analýza proteinového složení buněk bakterie Acidithiobacillus ferrooxidans rostlých na elementární síře a na železe. Byl přitom použit nově optimalizovaný protokol využívající imobilizované pH gradienty, vylepšenou redukci proteinů, identifikaci proteinů hmotnostní spektrometrií a kompletní genomovou informaci. Tento přístup vedl ke zobrazení více než 1300 proteinů v širokém a bazickém rozsahu pH, což představuje nejlepší současné rozlišení proteomu A. ferrooxidans. Komparativní obrazová analýza potvrdila, že proteom byl výrazně ovlivněn typem růstu a vedla k identifikaci mnoha fyziologicky významných proteinů. Patří mezi ně sulfátadenylyltranferasa a sulfiddehydrogenasa, které jsou zapojeny do asimilace síranů a metabolismusulfidů. Další identifikované proteiny jsou zapojeny do důležitých procesů jako sorpce buněk k růstovému substrátu a transport elektronů. Byla rovněž pozorována výrazná komigrace transportních proteinů pro fosfátové a síranové ionty.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

CE - Biochemistry

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/GA525%2F04%2F1309" target="_blank" >GA525/04/1309: Bacterial oxidation of inorganic sulfur substances, environmental aspects</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2006

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Proteomics

ISSN

1615-9853

e-ISSN

—

Volume of the periodical

6

Issue of the periodical within the volume

15

Country of publishing house

DE - GERMANY

Number of pages

8

Pages from-to

4278-4285

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—