Utilization of diversity in SSR loci from next-generation sequencing in Trifolium

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F14%3A00073262" target="_blank" >RIV/00216224:14310/14:00073262 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Využití diverzity mikrosatelitních lokusů získaných sekvenováním další generace u jetele

Original language description

Jetel luční (T. pratense L.) je jednou z nejvýznamnějších pícnin v České republice. Genomy jetelů jsou kvůli cizosprašnosti a silné gametofytické inkompatibilitě vysoce variabilní a polymorfní. Pro sekvenaci pomocí platformy Illumina byla vybrána diploidní odrůda jetele lučního Start (2n = 14, 418 Mbp). Ve výsledných poskládaných kontizích byly pomocí programu SSRLocator vyhledány mikrosatelitní lokusy, z kterých bylo odvozeno celkem 69 714 SSR markerů. Pro validaci na 39 českých odrůdách jetele lučníhobyl vybrán soubor celkem 99 SSR markerů. 16 vysoce polymorfních markerů bylo použito pro hodnocení vnitrodruhové diverzity a identifikaci 26 českých odrůd jetele lučního. 8 vybraných polymorfních markerů bylo použito pro hodnocení variability hybridní odrůdy Pramedi pomocí koeficientu PIC (polymorphic information content).

Czech name

Využití diverzity mikrosatelitních lokusů získaných sekvenováním další generace u jetele

Czech description

Jetel luční (T. pratense L.) je jednou z nejvýznamnějších pícnin v České republice. Genomy jetelů jsou kvůli cizosprašnosti a silné gametofytické inkompatibilitě vysoce variabilní a polymorfní. Pro sekvenaci pomocí platformy Illumina byla vybrána diploidní odrůda jetele lučního Start (2n = 14, 418 Mbp). Ve výsledných poskládaných kontizích byly pomocí programu SSRLocator vyhledány mikrosatelitní lokusy, z kterých bylo odvozeno celkem 69 714 SSR markerů. Pro validaci na 39 českých odrůdách jetele lučníhobyl vybrán soubor celkem 99 SSR markerů. 16 vysoce polymorfních markerů bylo použito pro hodnocení vnitrodruhové diverzity a identifikaci 26 českých odrůd jetele lučního. 8 vybraných polymorfních markerů bylo použito pro hodnocení variability hybridní odrůdy Pramedi pomocí koeficientu PIC (polymorphic information content).

Type

D - Article in proceedings

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Publication year

2014

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Article name in the collection

XVI. Setkání biochemiků a molekulárních biologů

ISBN

9788021073401

ISSN

—

e-ISSN

—

Number of pages

2

Pages from-to

58

Publisher name

Masarykova univerzita

Place of publication

Brno

Event location

Konferenční centrum hotelu Continental

Event date

Nov 11, 2014

Type of event by nationality

EUR - Evropská akce

UT code for WoS article

—