Parasitic monogeneans - still unknown organisms

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F18%3A00100816" target="_blank" >RIV/00216224:14310/18:00100816 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Parazitičtí jednorodí (Monogenea) - stále neznámé organismy

Original language description

Parazité skupiny Monogenea představují významný soubor organismů, čítající až 25 000 druhů. Jejich prevalence bývá v hospodářských chovech ryb často vysoká a může tak vést k významným ztrátám v populaci hostitele. Ačkoliv se zástupci monogeneí vyskytují kosmopolitně a někteří z nich jsou významnými patogeny, tak znalost biochemické či molekulární podstaty interakce parazit-hostitel je značně omezená. Např. téměř chybí informace o funkčních proteinových molekulách. Doposud byla pouze pro dva tyto organismy (Gyrodactylus salaris a Protopolystoma xenopodis) vygenerována a zpracována celogenomová data a bylo charakterizováno několik málo funkčních proteinů produkovaných zástupci monogeneí. Za účelem prohloubení poznání v této oblasti jsme u druhu Eudiplozoon nipponicum (Monogenea: Diplozoidae) realizovali první komplexní genomickou, transkriptomickou a proteomickou analýzu, která nám umožnila vygenerovat robustní datasety, na jejichž základě bylo možné identifikovat jednotlivé proteinové molekuly potenciálně klíčové pro život tohoto parazita. Pro potřeby genomické analýzy bylo pomocí čtyř sekvenačních platforem (Roche/454 Junior, Illumina HiSeq a MiSeq a Oxford Nanopore MinION) vygenerováno více než 165 mil. čtení a aktuálně probíhá fáze sestavování (assembly) celogenomové informace. V případě analýzy transkriptomu bylo vyprodukováno téměř 150 mil. čtení (Roche/454 FLX Titanium a Illumina MiSeq), 37 062 finálních transkriptů bylo bioinformaticky uspořádáno a z toho 19 539 blíže anotováno. Proteomická data byla získána z exkrečně-sekrečních (ES) produktů z ~100 dospělců pomocí HPLC-MS analýzy a byla porovnána se sestavenými transkripty. Takto bylo identifikováno celkem 1 033 ES proteinů.

Czech name

Parazitičtí jednorodí (Monogenea) - stále neznámé organismy

Czech description

Parazité skupiny Monogenea představují významný soubor organismů, čítající až 25 000 druhů. Jejich prevalence bývá v hospodářských chovech ryb často vysoká a může tak vést k významným ztrátám v populaci hostitele. Ačkoliv se zástupci monogeneí vyskytují kosmopolitně a někteří z nich jsou významnými patogeny, tak znalost biochemické či molekulární podstaty interakce parazit-hostitel je značně omezená. Např. téměř chybí informace o funkčních proteinových molekulách. Doposud byla pouze pro dva tyto organismy (Gyrodactylus salaris a Protopolystoma xenopodis) vygenerována a zpracována celogenomová data a bylo charakterizováno několik málo funkčních proteinů produkovaných zástupci monogeneí. Za účelem prohloubení poznání v této oblasti jsme u druhu Eudiplozoon nipponicum (Monogenea: Diplozoidae) realizovali první komplexní genomickou, transkriptomickou a proteomickou analýzu, která nám umožnila vygenerovat robustní datasety, na jejichž základě bylo možné identifikovat jednotlivé proteinové molekuly potenciálně klíčové pro život tohoto parazita. Pro potřeby genomické analýzy bylo pomocí čtyř sekvenačních platforem (Roche/454 Junior, Illumina HiSeq a MiSeq a Oxford Nanopore MinION) vygenerováno více než 165 mil. čtení a aktuálně probíhá fáze sestavování (assembly) celogenomové informace. V případě analýzy transkriptomu bylo vyprodukováno téměř 150 mil. čtení (Roche/454 FLX Titanium a Illumina MiSeq), 37 062 finálních transkriptů bylo bioinformaticky uspořádáno a z toho 19 539 blíže anotováno. Proteomická data byla získána z exkrečně-sekrečních (ES) produktů z ~100 dospělců pomocí HPLC-MS analýzy a byla porovnána se sestavenými transkripty. Takto bylo identifikováno celkem 1 033 ES proteinů.

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

—

OECD FORD branch

10600 - Biological sciences

Project

<a href="/en/project/GBP505%2F12%2FG112" target="_blank" >GBP505/12/G112: ECIP - European Centre of Ichtyoparasitology</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2018

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů