Computation of more channels in protein molecules

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F08%3A00024968" target="_blank" >RIV/00216224:14330/08:00024968 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Computation of more channels in protein molecules

Original language description

In the process of designing drugs it is crucial to perform various analyses of cavities and channels in protein molecules. Chemists also require that more than one ideal channel be computed in a static protein molecule. Three basic approaches for computation of more than a single channel were introduced in recent publications. However, these approaches have several disadvantages. In this paper we propose a new adaptive method for computation of more channels. This new method is piloted on a real data and results are compared with channels identified by chemists as relevant. The comparison indicates that this method is a significant improvement over previous methods, as the method computes less number of similar and biochemically insignificant channels.

Czech name

Metody výpočtu více tunelů v molekulách proteinů

Czech description

V procesu návrhu léků je potřeba provádět různé analýzy dutin a tunelů v molekulách proteinů. Chemici vyžadují, aby byl vypočítán více než jeden tunel pro každou molekulu. Základní přístupy byly formulovány v nedávných publikacích. Tyto přístupy mají několik nevýhod. V této publikaci prezentujeme novou adaptivní metodu pro výpočet více tunelů. Nová metoda je otestována na reálných datech a výsledky jsou porovnány s anotovanými daty. Porovnání naznačuje, že tato metoda je výrazným zlepšením předchozích metod, protože počítá menší množství podobných biochemicky nedůležitých tunelů.

Type

D - Article in proceedings

CEP classification

JC - Computer hardware and software

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Article name in the collection

Computation of more channels in protein molecules

ISBN

978-3-905674-13-2

ISSN

—

e-ISSN

—

Number of pages

7

Pages from-to

—

Publisher name

Eurographics Association

Place of publication

Aire-la-Ville, Switzerland

Event location

Delft, Netherlands

Event date

Oct 6, 2008

Type of event by nationality

WRD - Celosvětová akce

UT code for WoS article

—