Multicriteria tunnel computation

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F08%3A00024595" target="_blank" >RIV/00216224:14330/08:00024595 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Multicriteria tunnel computation

Original language description

Recent approaches to tunnel computation in protein molecules based on computational geometry are able to satisfactorily compute the narrowest possible width of any tunnel leading from a specified position inside the protein molecule to its surface. However, chemists are not only interested in the minimal width of a tunnel, they would also like to consider other criteria such as the length of the tunnel or its volume. In this paper we present an extension of the recent approach to tunnel computation which could take these other criteria into account. Using Delaunay triangulation we compute the set of all the tunnels which have the widest possible narrowest part, and select the best representative of this set in view of its additional criteria. Even though the extension is straightforward, it has many useful practical impacts. The major contribution of this approach is that it allows us to evaluate dynamic properties of protein molecules by tracing a computed tunnel in the sequence of se

Czech name

Výpočet tunelů se zohledněním doplňujících kritérií

Czech description

Existující přístupy k výpočtu tunelů v molekulách proteinů, které jsou založené na výpočetní geometrii jsou schopny vypočítat nejužší místo tunelu, vedoucího z aktivního místa na povrch molekuly. Chemici ale potřebují zohlednit i další parametry, jako jenapříklad délka tunelu nebo objem tunelu. V tomto článku je prezentováno rozšíření, které zohlední i další kritéria. Tunel, který splňuje i další kritéria může být vybrán jako vhodný reprezentant pro analýzu molekulové dynamiky. Metoda byla implementována a otestována na reálných sekvencích molekul proteinů.

Type

D - Article in proceedings

CEP classification

JC - Computer hardware and software

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Article name in the collection

Multicriteria tunnel computation

ISBN

978-0-88986-720-8

ISSN

—

e-ISSN

—

Number of pages

5

Pages from-to

—

Publisher name

ACTA Press

Place of publication

Innsbruck, Rakousko

Event location

Innsbruck, Austria

Event date

Feb 13, 2008

Type of event by nationality

EUR - Evropská akce

UT code for WoS article

—