Computation of tunnels in protein molecules using Delaunay triangulation

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F07%3A00020120" target="_blank" >RIV/00216224:14330/07:00020120 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Computation of tunnels in protein molecules using Delaunay triangulation

Original language description

This paper presents a new method of specific cavity analysis in protein molecules. Long-term biochemical research has the discovery that protein molecule behaviour depends on the existence of cavities (tunnels) leading from the inside of the molecule toits surface. Previous methods of tunnel computation were based on space rasterization. Our approach is based on computational geometry and uses Voronoi diagram and Delaunay triangulation. Our method computes tunnels with better quality in reasonable computational time. The proposed algorithm was implemented and tested on several real protein molecules and is expected to be used in various applications in protein modelling and analysis. This is an interesting example of applying computational geometry principles to practical problems.

Czech name

Výpočet tunelů v proteinech pomocí Delaunayovy triangulace

Czech description

Článek představuje novou metodu analýzy kavit v molekulách proteinů. Biochemický výzkum ukázal, že chování molekuly proteinu závisí na existenci kavit (tunelů), které vedou ze vnitřku molekuly na povrch. Předchozí metody výpočtu tunelů byly založeny na rasterizaci prostoru. Náš přístup je založen na výpočetní geometrii a používá Voroného diagram a Delaunayovu triangulaci. Naše metoda určí tunely v lepší kvalitě v přijatelném výpočetním čase. Navržený algoritmus byl implementován a testován na několika reálných proteinech. Nalezne uplatnění v různých aplikacích moldeování proteinů a jejich analýzy.

Type

D - Article in proceedings

CEP classification

IN - Informatics

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Article name in the collection

Journal of WSCG

ISBN

978-80-86943-00-8

ISSN

—

e-ISSN

—

Number of pages

8

Pages from-to

107-114

Publisher name

University of West Bohemia

Place of publication

Plzeň

Event location

Plzeň

Event date

Jan 1, 2007

Type of event by nationality

WRD - Celosvětová akce

UT code for WoS article

—