Visualization of Tunnels in Protein Molecules

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F07%3A00020597" target="_blank" >RIV/00216224:14330/07:00020597 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Visualization of Tunnels in Protein Molecules

Original language description

This paper presents two novel techniques for visualization of tunnels in complex molecules of proteins. Long-term research in the field of protein analysis proved that the reactivity of the protein molecule depends on the presence of tunnels. These structures are very important mainly in the process of finding new pharmaceuticals. Visualization of a tunnel is the next very important step after the analysis because it enables the biochemists to determine the crucial regions of the tunnel, which can havea substantial effect in the process of designing new medication. Previous methods for the visualization of tunnels define a tunnel as a set of intersecting spheres. Our approach exploits tetrahedra obtained from the process of tunnel analysis based on the Voronoi diagrams and Delaunay tetrahedrization. We proposed two novel algorithms that visualize a tunnel as a surface derived fromthe tetrahedra, which form the boundary constraint of the tunnel in the space of the molecule.

Czech name

Vizualizace tunelů v molekulách proteinů

Czech description

Tento článek prezentuje dva nové přístupy k vizualizaci tunelů v molekulách proteinů. Dlouhodobý výzkum v oblasti analýzy proteinů prokázal, že schopnost proteinů reagovat s jinou molekulou úzce souvisí s přítomností takzvaných tunelů. Tyto struktury hrají významou úlohu zejména při návrhu nových léčiv. Následným krokem je vizualizace těchto spočtených tunelů, která umožní biochemikovi určit ty části tunelu, které jsou podstatné při tvorbě léčiv. Předchozí vizualizační metody zobrazovaly tunel jako sekvenci protínajících se koulí. Naše nové přístupy využívají pro zobrazení Delaunayho tetrahedrizaci, která vzniká již při procesu hledání tunelů. Nově navržené algoritmy tedy zobrazují tunel jako povrch vygenerovaný ze sekvence tetrahedronů tvořících hranici spočteného tunelu.

Type

D - Article in proceedings

CEP classification

IN - Informatics

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/GA201%2F07%2F0927" target="_blank" >GA201/07/0927: Visualization of protein structures</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Article name in the collection

Computer graphics, virtual reality, visualisation and interaction in Africa AFRIGRAPH '07

ISBN

978-1-59593-906-7

ISSN

—

e-ISSN

—

Number of pages

8

Pages from-to

111-118

Publisher name

ACM

Place of publication

Grahamstown, South Africa

Event location

Grahamstown, South Africa

Event date

Jan 1, 2007

Type of event by nationality

WRD - Celosvětová akce

UT code for WoS article

—