cDNA Microarray: Gene Expression Profiling of Small Cell Populations

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F08%3A00027029" target="_blank" >RIV/00216224:14330/08:00027029 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

cDNA Microarray: Gene Expression Profiling of Small Cell Populations

Original language description

cDNA microarray technology is widely used in various biological and medical disciplines to determine gene expression profiles. Unfortunately, this technology requires a large quantity of input RNA. Since there is an increasing need to analyze more precisely defined cell sub-populations with low cell counts, working protocols using a minimal number of input cells are needed. Optimal RNA isolation and its accurate amplification are crucial to the success of these protocols. The goal was to find the best method of isolating and amplifying RNA from a small number of cells. We used the HL60 cell line in the search for a suitable protocol that could be applied to clinical samples of CD34+ hematopoietic cells. These cells make up only a very small populationin bone marrow (1- 4% of all cells). Our evaluation of various methods and kits available in the market revealed that the combination of RNAqueous Kit (Ambion, USA) for RNA isolation and the SenseAmp Plus Kit (Genisphere, USA) for linear

Czech name

cDNA Microarray: Expresní profilování malých buněčných pupulací

Czech description

Technologie cDNA microarray je hojně využívána v biologických a medicínských oborech pro stanovení genových expresních profilů. Tato technologie vyžaduje velké množství vstupní RNA. Bohužel, pokud pracujeme s malými subpopulacemi buněk, pak je problém sezískáním dostatečného množství RNA. Právě proto je potřeba mít k dispozici optimalizovaný protokol pro izolaci a amplifikaci RNA. Cílem bylo najít nejvhodnější metodu izolace a amplifikace RNA z malého množství buněk. Nejprve jsme protokol testovali nabuněčné linii HL60 a pak jsme ho aplikovali na hematopoetické buňky CD34+. Po zhodnocení různých metod jsme došli k závěru, že nejlepší kombinace je RNAqueous kit (Ambion, USA) pro izolaci RNA a SenseAmp Plus kit (Genisphere, USA) pro amplifikaci RNA. Při porovnání amplifikovaných a neamplifikovaných vzorků jsme vypočítali shodou 97.6. Tento protokol popisuje spolehlivou metodu pro uskutečnění microarray experimentu z limitovaného množství buněk.

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů