Parsybone: Parameter Synthesizer for Boolean Networks

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F12%3A00058665" target="_blank" >RIV/00216224:14330/12:00058665 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="http://sybila.fi.muni.cz/tools/parsybone" target="_blank" >http://sybila.fi.muni.cz/tools/parsybone</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Parsybone: Parameter Synthesizer for Boolean Networks

Original language description

Parsybone is a command-line tool for synthesis of discrete kinetic parameters in gene regulatory networks and for their further analysis. Regulatory networks are provided using a so-called Thomas formalism and analyzed using a method of colored LTL modelchecking. The model checking procedure is based on the behavioral constraints provided in the form of Büchi automata. Features of this tool include: reduction of parameter space by static and dynamic behaviour constraints, analysis w.r.t. time series measurements and further ranking of acceptable parametrizations, computation of behavioural maps, possible execution in distributed environment, usage of colored LTL model checking. This software transfers original research results into practise. Its maincontribution to the field of bioinformatics is providing of a sophisticated support for discrete analysis of models of gene regulatory networks which has not been available before.

Czech name

—

Czech description

—

Type

R - Software

CEP classification

IN - Informatics

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/GAP202%2F11%2F0312" target="_blank" >GAP202/11/0312: Software Components in Embedded Systems: Development and Verification</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Publication year

2012

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

Parsybone Release v1.000

Technical parameters

Software implementuje unikátní metodu ověřování temporálních vlastností na parametrizovaných modelech prostřednictvím heuristiky vyvinuté laboratoří Sybila (coloured model checking). Metoda je využita k enumerativnímu řešení problému nalezení parametrů vyhovujících zadaným podmínkám (omezení dynamiky dané např. experimentálním měřením genové exprese in vitro). Software tak obohacuje klíčovou oblast bioinformatiky (rekontrukce sítí genových regulací) o výkonný nástroj využivající špičkových technologií formální verifikace. Metoda je adaptována pro boolovské modely genové exprese a umožňuje zpracování sítí o několika desítkách genů. To je umožněno efektivní paralelní implementací algoritmu v distribuovaném prostředí. Implementace v C++. Licence: GNU GPL.Odpovědná osoba: RNDr. David Šafránek, Ph.D.; email: safranek@fi.muni.cz; telefon: 549494476; adresa: David Šafránek, Fakulta informatiky Masarykovy univerzity, Botanická 68a, 602 00 Brno.

Economical parameters

Významným ekonomickým přínosem tohoto software pro biologické laboratoře zabývající se zpracováním microarray dat a inferencí prediktivních modelů je významné ušetření času nezbytného pro manuální zpracování enormního množství predikovaných dat. Automatizací zpracování a zavedením klasifikačních metrik je usnadněno a významně urychleno nalezení modelů, které odpovídají experimentálně naměřeným výsledkům. SW je dle zvyklostí vysoce dynamického oboru bioinformatiky šířen zdarma, jeho využití je předpokládáno převážně v akademickém prostředí biologických laboratoří.

Owner IČO

00216224

Owner name

Masarykova univerzita