The Potential of Advanced Genomic Methods for Complex Karyotype Analysis: A Case Study in Chronic Lymphocytic Leukemia

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F24%3A00137824" target="_blank" >RIV/00216224:14740/24:00137824 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://sites.google.com/scientifika.eu/dna-diagnostika-2024" target="_blank" >https://sites.google.com/scientifika.eu/dna-diagnostika-2024</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Potenciál pokročilých genomických metod pro analýzu komplexního karyotypu: příklad využití u chronické lymfocytární leukémie

Original language description

Chronická lymfocytární leukémie (CLL) je nejčastějším typem leukémie dospělých v Západním světě. Je pro ni typický variabilní klinický průběh. U pacientů s nepříznivou prognózou se rekurentně vyskytuje komplexní karyotyp (CK), který je charakterizován přítomností ≥3 chromozomových změn, zahrnujících numerické a strukturní varianty (SV). Předpokládáme, že přesná charakterizace komplexních SV může přispět k pochopení molekulárních mechanismů vedoucích k progresi onemocnění a výběru vhodné terapie. K detekci chromozomových změn jsou u CLL využívané především G-pruhování, FISH a mFISH, které neposkytují informaci o sekvenci DNA či interakcích chromatinu a mají omezenou rozlišovací schopnost. Moderní technologie, jako jsou sekvenování s krátkým (Illumina) a dlouhým čtením (např. Oxford Nanopore Technologies; ONT), analýza konformace chromatinu (Hi-C) a optické mapování genomu (OGM; Bionano Genomics), poskytují komplexnější pohled na celý genom ve vysokém rozlišení. U 10 CLL pacientů s CK jsme provedli porovnání dat z uvedených rutinních i pokročilých metod. Pro identifikaci SV z ONT dat byl použit průnik nástrojů SVIM, Sniffles a Delly, u dat z Illuminy nástroje Delly a Manta. Pro analýzu SV detekovaných OGM byl použit postup Rare Variant Analysis a pro detekci aberací metodou Hi-C byly aplikovány nástroje EagleC a NeoLoopFinder. Názorné porovnání výsledků bude prezentováno na vybraném vzorku. Budou představeny možnosti výstupů a zhodnoceny výhody a nedostatky jednotlivých metod. Na základě našich výsledků věříme, že pokročilá analýza genomu je v kombinaci s tradičními přístupy velkým příslibem pro řešení komplexních chromozomových přestaveb nejen u CLL.

Czech name

Potenciál pokročilých genomických metod pro analýzu komplexního karyotypu: příklad využití u chronické lymfocytární leukémie

Czech description

Chronická lymfocytární leukémie (CLL) je nejčastějším typem leukémie dospělých v Západním světě. Je pro ni typický variabilní klinický průběh. U pacientů s nepříznivou prognózou se rekurentně vyskytuje komplexní karyotyp (CK), který je charakterizován přítomností ≥3 chromozomových změn, zahrnujících numerické a strukturní varianty (SV). Předpokládáme, že přesná charakterizace komplexních SV může přispět k pochopení molekulárních mechanismů vedoucích k progresi onemocnění a výběru vhodné terapie. K detekci chromozomových změn jsou u CLL využívané především G-pruhování, FISH a mFISH, které neposkytují informaci o sekvenci DNA či interakcích chromatinu a mají omezenou rozlišovací schopnost. Moderní technologie, jako jsou sekvenování s krátkým (Illumina) a dlouhým čtením (např. Oxford Nanopore Technologies; ONT), analýza konformace chromatinu (Hi-C) a optické mapování genomu (OGM; Bionano Genomics), poskytují komplexnější pohled na celý genom ve vysokém rozlišení. U 10 CLL pacientů s CK jsme provedli porovnání dat z uvedených rutinních i pokročilých metod. Pro identifikaci SV z ONT dat byl použit průnik nástrojů SVIM, Sniffles a Delly, u dat z Illuminy nástroje Delly a Manta. Pro analýzu SV detekovaných OGM byl použit postup Rare Variant Analysis a pro detekci aberací metodou Hi-C byly aplikovány nástroje EagleC a NeoLoopFinder. Názorné porovnání výsledků bude prezentováno na vybraném vzorku. Budou představeny možnosti výstupů a zhodnoceny výhody a nedostatky jednotlivých metod. Na základě našich výsledků věříme, že pokročilá analýza genomu je v kombinaci s tradičními přístupy velkým příslibem pro řešení komplexních chromozomových přestaveb nejen u CLL.

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

—

OECD FORD branch

30204 - Oncology

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2024

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů