gorder: Everything you will ever need for lipid order calculations

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F25%3A00141648" target="_blank" >RIV/00216224:14740/25:00141648 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://github.com/Ladme/gorder" target="_blank" >https://github.com/Ladme/gorder</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

gorder: Everything you will ever need for lipid order calculations

Original language description

Lipid order parameters are an important metric for quantifying the molecular structure of biological membranes. They can be derived from both molecular simulations and experimental measurements, enabling robust comparisons between the two. Although methods for calculating lipid order parameters from molecular dynamics simulations of membrane systems at various resolutions are well established, a comprehensive and user-friendly package for these calculations is lacking, which has even led some researchers to use tools that are known to perform the calculations incorrectly. To address this, we have developed gorder, an analysis tool capable of calculating lipid order parameters in atomistic, united-atom, and coarse-grained systems, compatible with any force field, and applicable to both planar and curved membrane geometries. gorder is designed to be fast and versatile, providing a unified solution for lipid order calculations.

Czech name

—

Czech description

—

Type

R - Software

CEP classification

—

OECD FORD branch

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2025

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

gorder

Technical parameters

Software GORDER je nástroj pro výpočet lipidových řádových parametrů z molekulárně-dynamických trajektorií. Byl navržen pro vysoce výkonné GPU akcelerované výpočty a je optimalizován pro paralelní zpracování rozsáhlých datových souborů. GORDER umožňuje výpočet deuteria order parametrů (S_CD) z běžně používaných formátů výstupů (např. GROMACS), včetně možnosti výběru atomových párů a časového okna analýzy. Výsledky lze ověřit porovnáním s referenčními simulacemi nebo publikovanými daty. Software je zveřejněn jako open-source (na GitHubu pod licencí MIT), což umožňuje volné použití, šíření i úpravy. K datu vyplnění nebyla uzavřena žádná smlouva o licenčním či jiném komerčním využití výsledku.

Economical parameters

Software GORDER umožňuje efektivní a přesné výpočty řádových parametrů lipidů z dat molekulární dynamiky. Jeho využití přináší úsporu času při analýze dat a snižuje nároky na výpočetní kapacity, což vede ke snížení nákladů. Díky automatizaci a možnosti paralelizace zvyšuje produktivitu výzkumu. Nástroj má potenciál pro uplatnění ve farmaceutickém a biotechnologickém průmyslu, zejména při vývoji lipidových léčiv a nanonosičů, a může přispět k technologickému transferu do aplikační sféry.

Owner IČO

00216224

Owner name

Masarykova univerzita