Bioaffinity magnetic reactor for peptide digestion followed by analysis using bottom-up shotgun proteomics strategy

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216275%3A25310%2F08%3A00005963" target="_blank" >RIV/00216275:25310/08:00005963 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/68081715:_____/08:00306451 RIV/60162694:G44__/08:00001961

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Bioaffinity magnetic reactor for peptide digestion followed by analysis using bottom-up shotgun proteomics strategy

Original language description

We report an efficient and streamlined way to improve the analysis and identification of peptides and proteins in complex mixtures of soluble proteins, cell lysates etc. By using the shotgun proteomics methodology combined with bioaffinity purification we can remove or minimize the interference contamination of a complex tryptic digest and so avoid the time-consuming separation steps before the final MS analysis. We have proved that by means of enzymatic fragmentation (endoproteinases with Arg-C or/and,Lys-C specificity) connected with the isolation of specific peptides we can obtain a simplified peptide mixture for easier identification of the entire protein. A new bioaffinity sorbent was developed for this purpose. Anhydrotrypsin (AHT), an inactiveform of trypsin with an affinity for peptides with arginine (Arg) or lysine (Lys) at the C-terminus, was immobilized onto micro/nanoparticles with superparamagnetic properties (silica magnetite particles SiMAG ? Carboxyl, Chemicell, Germa

Czech name

Bioaffinitní magnetický reaktor pro štěpení peptidůs následnou analýzou pomocí bottom-up shotgun proteomické strategie

Czech description

Uvádíme účinnou a jednoduchou metodu pro lepší analýzu a identifikaci peptidů a proteinů v komplexní směsi solubilních proteinů, buněčných lyzátů atd. Použitím shotgun proteomické metody v kombinaci s bioafinitní purifikací lze odstranit nebo minimalizovat interferující kontaminaci komplexních tryptických peptidů a tím se vyhnout časově náročným separačním krokům před finální MS analýzou. Enzymatickým štěpením (endoproteinázy s Arg-C or/a Lys-C specifitou) spolu s izolací specifických peptidů lze získattzv. "simplified peptide mixture" pro snadnější identifikaci výchozího proteinu. Pro tento postup byl vyvinut nový bioafinitní sorbent. Anhydrotrypsin (AHT), inaktivní derivát trypsin s afinitou pro peptidy s argininem (Arg) nebo lysinem (Lys) na C-konci molekuly byl imobilizován na micro/nanopartikule se superparamagnetickými vlastnostmi (silikagelové magnetitové partikule SiMAG - Carboxyl, Chemicell, Německo). AHT nosič s danou vazebnou kapacitou (26.8 nmol/mg nosiče) byl testován s m

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

CB - Analytical chemistry, separation

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Journal of Separation Science

ISSN

1615-9306

e-ISSN

—

Volume of the periodical

31

Issue of the periodical within the volume

3

Country of publishing house

DE - GERMANY

Number of pages

9

Pages from-to

—

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—