Classification of prokaryotic organisms based on compressed whole genome signals

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F13%3APU104798" target="_blank" >RIV/00216305:26220/13:PU104798 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Klasifikace prokaryotických organismů založená na komprimovaných celogenomových signálech

Original language description

Klasifikace organismů je jednou ze základních otázek biologie. Jelikož hlavním nositelem dědič-nosti je DNA, je porovnávání organismů založeno na molekulárních znacích. Přitom nové techniky sekvenace umožňují levné sestavení celého genomu jednotlivých organismů, zvláště pak prokaryotických, u kterých je genom tvořen jediným kruhových chromozomem. Klasické metody komparace jsou ale založené na vícenásobném zarovnání znakových sekvencí, které je výpočetně velmi náročné, pro více sekvencí s délkou nad 100kbp prakticky nemožné. Klasifikace se tak provádí na úrovní genů (stovky až jednotky tisíc bp), které ale nemusí dobře popisovat vývoj celého organismu, jen vývoj tohoto konkrétního genu. Při nesprávné volbě genu je pak celá klasifikace chybná. Převodemsekvence znaků na signál kumulované fáze zjistíme, že takový signál je zčásti redundantní a dokáže si uchovat význačné charakteristiky i po masivní ztrátové

Czech name

Klasifikace prokaryotických organismů založená na komprimovaných celogenomových signálech

Czech description

Klasifikace organismů je jednou ze základních otázek biologie. Jelikož hlavním nositelem dědič-nosti je DNA, je porovnávání organismů založeno na molekulárních znacích. Přitom nové techniky sekvenace umožňují levné sestavení celého genomu jednotlivých organismů, zvláště pak prokaryotických, u kterých je genom tvořen jediným kruhových chromozomem. Klasické metody komparace jsou ale založené na vícenásobném zarovnání znakových sekvencí, které je výpočetně velmi náročné, pro více sekvencí s délkou nad 100kbp prakticky nemožné. Klasifikace se tak provádí na úrovní genů (stovky až jednotky tisíc bp), které ale nemusí dobře popisovat vývoj celého organismu, jen vývoj tohoto konkrétního genu. Při nesprávné volbě genu je pak celá klasifikace chybná. Převodemsekvence znaků na signál kumulované fáze zjistíme, že takový signál je zčásti redundantní a dokáže si uchovat význačné charakteristiky i po masivní ztrátové

Type

D - Article in proceedings

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Publication year

2013

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Article name in the collection

Sborník z konference: Student EEICT 2013

ISBN

978-80-214-4694-6

ISSN

—

e-ISSN

—

Number of pages

3

Pages from-to

185-187

Publisher name

VUT Brno

Place of publication

Brno

Event location

Brno

Event date

Apr 26, 2012

Type of event by nationality

CST - Celostátní akce

UT code for WoS article

—