PhylogenTree Analyzer
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F14%3APR27862" target="_blank" >RIV/00216305:26220/14:PR27862 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty" target="_blank" >http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
PhylogenTree Analyzer
Original language description
Software opatřen uživatelským rozhraním umožňující ze souboru biologických sekvencí ve FASTA souboru vykreslit a analyzovat fylogenetický strom na základě nastavitelných parametrů (statistická metoda, distanční model, skórovací matice, počet replikací, počet aktivních sekvencí). Veškeré fylogenetické stromy, či analýzy založené na nich, jsou konstruovány pomocí metody Neighbor-Joining. Využívanými statistickými metodami jsou Bootstrapping, Jackknifing, OTU Jackknifing, permutation tail probability test.
Czech name
PhylogenTree Analyzer
Czech description
Software opatřen uživatelským rozhraním umožňující ze souboru biologických sekvencí ve FASTA souboru vykreslit a analyzovat fylogenetický strom na základě nastavitelných parametrů (statistická metoda, distanční model, skórovací matice, počet replikací, počet aktivních sekvencí). Veškeré fylogenetické stromy, či analýzy založené na nich, jsou konstruovány pomocí metody Neighbor-Joining. Využívanými statistickými metodami jsou Bootstrapping, Jackknifing, OTU Jackknifing, permutation tail probability test.
Classification
Type
R - Software
CEP classification
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
<a href="/en/project/GAP102%2F11%2F1068" target="_blank" >GAP102/11/1068: Nano-Electro-Bio-Tools for Biochemical and Molecularly-Biological Studies of Eukaryotic Cells (NanoBioTECell)</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2014
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
PhylogenTree Analyzer
Technical parameters
Software byl realizován jako výsledek projektu GAČr Nano-elektro-bio-nástroje pro biochemické a molekulárně-biologické studie eukaryotických buněk (NanoBioTECell). Produkt je využíván na VUT v Brně a na Mendelově univerzitě, Ústav chemie a biochemie. Prospuštění programu je zapotřebí MATLAB 2012b nebo novější verze. Software je volně stažitelný na adrese http://www.dbme.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty.
Economical parameters
50 000 Kč
Owner IČO
00216305
Owner name
Ústav biomedicínského inženýrství