Molecular genetic analysis of Pseudoperonospora humuli populations in hop growing regions in the Czech Republic

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F14864347%3A_____%2F18%3AN0000091" target="_blank" >RIV/14864347:_____/18:N0000091 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="http://cskor.mendelu.cz/" target="_blank" >http://cskor.mendelu.cz/</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Molekulárně genetická analýza populací Pseudoperonospora humuli v oblastech pěstování chmele v České republice

Original language description

WERSCHALLOVÁ, Markéta, Josef PATZAK a Alena HENYCHOVÁ. Molekulárně genetická analýza populací Pseudoperonospora humuli v oblastech pěstování chmele v České republice / Molecular genetic analysis of Pseudoperonospora humuli populations in hop growing regions in the Czech Republic. In: H. ŠEFROVÁ, I. ŠAFRÁNKOVÁ, eds. XXI. Česká a slovenská konference o ochraně rostlin: Sborník abstraktů z konference konané 5. - 6. září 2018. Brno: Mendelova univerzita v Brně, 2018, s. 71. ISBN 978-80-7509-562-6. Pseudoperonospora humuli je obligátní biotrofní patogen způsobující velké ztráty na výnosu a kvalitě sklizeného chmele. Vzhledem k úplné nutriční závislosti na hostitelské rostlině je dostupné jen velmi málo molekulárně-genetických dat pro genomovou a populační analýzu. Populace P. humuli z území České republiky byly analyzovány ke zjištění molekulárně genetické variability pomocí metody PCR prostřednictvím vybraných genových lokusů a screeningu již publikovaných mikrosatelitních sekvencí. Sběr izolátů (klasovitých výhonů) P. humuli byl prováděn na jaře v letech 2017–2018. V roce 2017 byl prováděn sběr v žatecké pěstitelské oblasti, v roce 2018 byly odebírány klasovité výhony ze všech pěstitelských oblastí. Klasovité výhony byly odebírány převážně z odrůd náchylných k P. humuli. DNA extrakce byla provedena pomocí dvou komerčních kitů, DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen) a EZNA Fungal DNA Mini Kit (Omega). Vyizolovaná DNA byla použita k PCR amplifikaci fragmentů genů pro ITS regiony, β-tubulin a cytochrom c oxidázy ve formách cox2, cox2-cox1 mezerníku a cox1 pomocí specifických primerových kombinací k ověření specifity. Dále bylo testováno 18 SSR mikrosatelitních markerů ve formátu PAGE. Ve výsledku se genetická struktura populací získaných z pěstitelských oblastí žatecka, úštěcka a tršicka lišila jen velmi málo a nebyla zde detekována výrazná nukleotidová variabilita zkoumaných lokusů. Ze získaných výsledků lze usuzovat, že na území chmelařských oblastí ČR není mezi jednotlivými izoláty nukleotidová variabilita. Je proto nutné se zaměřit na analýzu jiných lokalit a prověřit i další lokusy genů a mikrosatelitní markery.

Czech name

Molekulárně genetická analýza populací Pseudoperonospora humuli v oblastech pěstování chmele v České republice

Czech description

WERSCHALLOVÁ, Markéta, Josef PATZAK a Alena HENYCHOVÁ. Molekulárně genetická analýza populací Pseudoperonospora humuli v oblastech pěstování chmele v České republice / Molecular genetic analysis of Pseudoperonospora humuli populations in hop growing regions in the Czech Republic. In: H. ŠEFROVÁ, I. ŠAFRÁNKOVÁ, eds. XXI. Česká a slovenská konference o ochraně rostlin: Sborník abstraktů z konference konané 5. - 6. září 2018. Brno: Mendelova univerzita v Brně, 2018, s. 71. ISBN 978-80-7509-562-6. Pseudoperonospora humuli je obligátní biotrofní patogen způsobující velké ztráty na výnosu a kvalitě sklizeného chmele. Vzhledem k úplné nutriční závislosti na hostitelské rostlině je dostupné jen velmi málo molekulárně-genetických dat pro genomovou a populační analýzu. Populace P. humuli z území České republiky byly analyzovány ke zjištění molekulárně genetické variability pomocí metody PCR prostřednictvím vybraných genových lokusů a screeningu již publikovaných mikrosatelitních sekvencí. Sběr izolátů (klasovitých výhonů) P. humuli byl prováděn na jaře v letech 2017–2018. V roce 2017 byl prováděn sběr v žatecké pěstitelské oblasti, v roce 2018 byly odebírány klasovité výhony ze všech pěstitelských oblastí. Klasovité výhony byly odebírány převážně z odrůd náchylných k P. humuli. DNA extrakce byla provedena pomocí dvou komerčních kitů, DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen) a EZNA Fungal DNA Mini Kit (Omega). Vyizolovaná DNA byla použita k PCR amplifikaci fragmentů genů pro ITS regiony, β-tubulin a cytochrom c oxidázy ve formách cox2, cox2-cox1 mezerníku a cox1 pomocí specifických primerových kombinací k ověření specifity. Dále bylo testováno 18 SSR mikrosatelitních markerů ve formátu PAGE. Ve výsledku se genetická struktura populací získaných z pěstitelských oblastí žatecka, úštěcka a tršicka lišila jen velmi málo a nebyla zde detekována výrazná nukleotidová variabilita zkoumaných lokusů. Ze získaných výsledků lze usuzovat, že na území chmelařských oblastí ČR není mezi jednotlivými izoláty nukleotidová variabilita. Je proto nutné se zaměřit na analýzu jiných lokalit a prověřit i další lokusy genů a mikrosatelitní markery.

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

—

OECD FORD branch

40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology

Project

—

Continuities

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2018

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů