Certified methodology of sweet cherry germplasm evaluation using methods of molecular genetics

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F25271121%3A_____%2F18%3AN0000039" target="_blank" >RIV/25271121:_____/18:N0000039 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/14864347:_____/18:N0000014

Result on the web

<a href="http://www.vsuo.cz/common/cms_files/01_Certifikovana_metodika_hodnoceni_genofondu_tresne_s_vyuzitim_molekularne.pdf" target="_blank" >http://www.vsuo.cz/common/cms_files/01_Certifikovana_metodika_hodnoceni_genofondu_tresne_s_vyuzitim_molekularne.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Certifikovaná metodika hodnocení genofondu třešně s využitím molekulárně genetických metod

Original language description

V rámci projektů Národní agentury pro zemědělský výzkum QJ1510001 bylo ve VŠÚO Holovousy s.r.o. v roce 2015 zahájeno postupné hodnocení genofondu třešně pomocí molekulárně genetických metod s propojením na hodnocení plodových a vegetativních znaků. Projekt byl řešen ve spolupráci s Chmelařským institutem s.r.o. v Žatci, který měl zkušenosti s hodnocením genomu ovocných dřevin. Studium fenotypových charakteristik a výsledky molekulárních analýz DNA mají za cíl popsat genetickou variabilitu kolekcí odrůd třešně s výhledem využití získaných výsledků ve šlechtitelských programech. Odrůdy třešně byly hodnoceny z hlediska vegetativních a plodových znaků na základě deskriptorů pro třešeň. Vegetativní znaky: začátek a konec hlavního květu, násada květů, násada plodů a doba zrání. Plodové znaky: hmotnost plodu, barva plodů, barvitelnost šťávy, chuť a odlučitelnost dužniny od pecky. Třešně patří mezi cizosprašné rostliny a vyvinul se u nich systém gametofytické autoinkompatibility. Systém je založen na expresi genů S-RNázy a F-box SFB. Celkem bylo detekováno 13 různých S-alel v 29 kombinacích S-lokusu a 24 skupinách autoinkompatibility. Nejfrekventovanějšími S-alelami byly S3, S1 a S4, dále pak S2 a S6. Nejvíce odrůd patřilo do skupiny autoinkompatibility III (S3S4), následováno skupinou II (S1S3), IV (S2S3) a VI (S3S6). V molekulárně-genetických analýzách bylo celkem amplifikováno 117 polymorfních markerů, které byly použitelné pro analýzu genetické příbuznosti jednotlivých 153 genotypů. Genetická analýza příbuznosti (DARwin v. 5.0.155) jednotlivých odrůd byla v souladu s genealogickými a geobotanickými charakteristikami a známými šlechtitelskými původy. Výsledný dendrogram byl rozdělen do sedmi skupin (klastrů). První klastr (I) shlukoval odrůdy převážně americké provenience, ale s původem v evropských odrůdách ´Windsor´, ´Napoleonova´ a ´Empress Eugenie´, z nichž vzešly odrůdy ´Van´ a ´Lambert´. V druhém klastru (II) byly též ještě odrůdy s původem v odrůdách ´Van´, ´Napoleonova´ a ´Bing´, ale především odrůdy, které mají v původu odrůdu ´Kordia´. Ve třetím klastru (III) byly shlukovány v jedné skupině odrůdy neznámého původu společně s ´Early Rivers´ a ve druhé skupině švýcarské odrůdy s původem v odrůdách ´Basler Adler´ a ´Zweitfrühe´. Ve čtvrtém klastru (IV) byly shlukovány odrůdy s původem v odrůdě ´Schneiders´. V pátém klastru (V) byly shlukovány v jedné skupině odrůdy s francouzským původem odrůd ´Burlat´ a ´Moreau´ a ve druhé skupině odrůdy s původem v odrůdách ´Rube´ a ´Allers Späte´. Šestý klastr (VI) shlukoval různé odrůdy a sedmý (VII) pak převážně staré německé a české odrůdy.

Czech name

Certifikovaná metodika hodnocení genofondu třešně s využitím molekulárně genetických metod

Czech description

V rámci projektů Národní agentury pro zemědělský výzkum QJ1510001 bylo ve VŠÚO Holovousy s.r.o. v roce 2015 zahájeno postupné hodnocení genofondu třešně pomocí molekulárně genetických metod s propojením na hodnocení plodových a vegetativních znaků. Projekt byl řešen ve spolupráci s Chmelařským institutem s.r.o. v Žatci, který měl zkušenosti s hodnocením genomu ovocných dřevin. Studium fenotypových charakteristik a výsledky molekulárních analýz DNA mají za cíl popsat genetickou variabilitu kolekcí odrůd třešně s výhledem využití získaných výsledků ve šlechtitelských programech. Odrůdy třešně byly hodnoceny z hlediska vegetativních a plodových znaků na základě deskriptorů pro třešeň. Vegetativní znaky: začátek a konec hlavního květu, násada květů, násada plodů a doba zrání. Plodové znaky: hmotnost plodu, barva plodů, barvitelnost šťávy, chuť a odlučitelnost dužniny od pecky. Třešně patří mezi cizosprašné rostliny a vyvinul se u nich systém gametofytické autoinkompatibility. Systém je založen na expresi genů S-RNázy a F-box SFB. Celkem bylo detekováno 13 různých S-alel v 29 kombinacích S-lokusu a 24 skupinách autoinkompatibility. Nejfrekventovanějšími S-alelami byly S3, S1 a S4, dále pak S2 a S6. Nejvíce odrůd patřilo do skupiny autoinkompatibility III (S3S4), následováno skupinou II (S1S3), IV (S2S3) a VI (S3S6). V molekulárně-genetických analýzách bylo celkem amplifikováno 117 polymorfních markerů, které byly použitelné pro analýzu genetické příbuznosti jednotlivých 153 genotypů. Genetická analýza příbuznosti (DARwin v. 5.0.155) jednotlivých odrůd byla v souladu s genealogickými a geobotanickými charakteristikami a známými šlechtitelskými původy. Výsledný dendrogram byl rozdělen do sedmi skupin (klastrů). První klastr (I) shlukoval odrůdy převážně americké provenience, ale s původem v evropských odrůdách ´Windsor´, ´Napoleonova´ a ´Empress Eugenie´, z nichž vzešly odrůdy ´Van´ a ´Lambert´. V druhém klastru (II) byly též ještě odrůdy s původem v odrůdách ´Van´, ´Napoleonova´ a ´Bing´, ale především odrůdy, které mají v původu odrůdu ´Kordia´. Ve třetím klastru (III) byly shlukovány v jedné skupině odrůdy neznámého původu společně s ´Early Rivers´ a ve druhé skupině švýcarské odrůdy s původem v odrůdách ´Basler Adler´ a ´Zweitfrühe´. Ve čtvrtém klastru (IV) byly shlukovány odrůdy s původem v odrůdě ´Schneiders´. V pátém klastru (V) byly shlukovány v jedné skupině odrůdy s francouzským původem odrůd ´Burlat´ a ´Moreau´ a ve druhé skupině odrůdy s původem v odrůdách ´Rube´ a ´Allers Späte´. Šestý klastr (VI) shlukoval různé odrůdy a sedmý (VII) pak převážně staré německé a české odrůdy.

Type

N_metC - Methodology certified by the authorised body

CEP classification

—

OECD FORD branch

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Project

<a href="/en/project/QJ1510001" target="_blank" >QJ1510001: Research of sweet cherry germplasm by molecular-genetic methods</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2018

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

978-80-87030-62-2

Regulation ID

3/2018-17233

Technical parameters

Osvědčení číslo 3/2018-17233 o uznání metodiky v souladu s podmínkami Metodiky hodnocení výzkumných organizací a programů účelové podpory výzkumu, vývoje a inovací, schválené usnesením vlády dne 8.2.2017, č.107 a její samostatné přílohy č.4 schválené usnesením vlády dne 29.11.2017 č. 837. Smlouva o využití výsledku s uživatelem byla uzavřena s Ovocnářskou unií ČR, Holovousy 129, 50801 Hořice, IČ: 44477325, dne 7.11.2018, č.sml.: 1053/2018, zastoupenou Ing. Martinem Ludvíkem, předsedou.

Economical parameters

Přínosy u tvůrců výsledků Výsledky byly poskytovány zdarma. Projekt využíval zvláštnosti pro zemědělství a rybolov podle článku 9. Rámce Společenství. Účastníci projektu získali během řešení projektu dovednosti, které využijí v další výzkumné činnosti. Zkušenosti a postupy z molekulárního testování a charakterizace budou uplatněny i při zkoumání a mapování genomu u dalších ovocných plodin. Přínosy u uživatelů Hlavním přínosem využití molekulárně genetických markerů je charakterizace genových zdrojů, jejich variability a autoinkompatibility, což povede ke zkrácení tvorby a zvýšení efektivnosti šlechtitelského procesu nových odrůd. Podle zahraničních zkušeností lze šlechtitelský proces zkrátit minimálně o 30 %. Dalším přínosem bude produkce školkařských výpěstků kvalitních odrůd třešně s rezistencí k chorobám a výsadba tohoto materiálu do produkčních sadů.

Certification body designation

Ministerstvo zemědělství, Těšnov 65/17, 11000 Praha 1

Date of certification

—

Method of use

C - Výsledek je využíván bez omezení okruhu uživatelů