Testing apple trees for viruses by the Next Generation Sequencing

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F25271121%3A_____%2F20%3AN0000016" target="_blank" >RIV/25271121:_____/20:N0000016 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Testování jabloní na přítomnost virů metodou nové generace sekvenování

Original language description

Metodou nové generace sekvenování (NGS) bylo testováno 28 podnoží jabloně M9 zakoupených od české a renomované zahraniční firmy a 2 rostlin odrůd ´Golden Delicious´, ´Šampion´, ´Jonagored Supra´, ´Boskoopské červené´, ´Selena´ a ´Idared´ udržovaných v technické izolaci v hmyzutěsném skleníku ve Výzkumném a šlechtitelském ústavu ovocnářském Holovousy s.r.o. NGS knihovny byly připraveny z obohacené dvouvláknové RNA a sekvenovány pomocí NovaSeq 6000. Tři podnože a dvě odrůdy ´Golden Delicious´ a ´Boskoopské červené´, neobsahovaly žádnou virovou nebo viroidní sekvenci. U jedné podnože M9 Elite byl potvrzen výskyt Apple stem grooving virus (ASGV). Ve zbývajících odrůdách byly nově prokázány a potvrzeny pomocí RT-PCR a Sangerovým sekvenováním Citrus concave gum-associated virus (CCGaV) a Apple hammerhead viroid-like RNA (AHVd). Oba patogeny byly detekovány také v komerčních sadech, aleji starých jabloní a v domácích zahradách, což naznačuje jejich přítomnost v České republice pravděpodobně po celá desetiletí.

Czech name

Testování jabloní na přítomnost virů metodou nové generace sekvenování

Czech description

Metodou nové generace sekvenování (NGS) bylo testováno 28 podnoží jabloně M9 zakoupených od české a renomované zahraniční firmy a 2 rostlin odrůd ´Golden Delicious´, ´Šampion´, ´Jonagored Supra´, ´Boskoopské červené´, ´Selena´ a ´Idared´ udržovaných v technické izolaci v hmyzutěsném skleníku ve Výzkumném a šlechtitelském ústavu ovocnářském Holovousy s.r.o. NGS knihovny byly připraveny z obohacené dvouvláknové RNA a sekvenovány pomocí NovaSeq 6000. Tři podnože a dvě odrůdy ´Golden Delicious´ a ´Boskoopské červené´, neobsahovaly žádnou virovou nebo viroidní sekvenci. U jedné podnože M9 Elite byl potvrzen výskyt Apple stem grooving virus (ASGV). Ve zbývajících odrůdách byly nově prokázány a potvrzeny pomocí RT-PCR a Sangerovým sekvenováním Citrus concave gum-associated virus (CCGaV) a Apple hammerhead viroid-like RNA (AHVd). Oba patogeny byly detekovány také v komerčních sadech, aleji starých jabloní a v domácích zahradách, což naznačuje jejich přítomnost v České republice pravděpodobně po celá desetiletí.

Type

J_ost - Miscellaneous article in a specialist periodical

CEP classification

—

OECD FORD branch

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Project

<a href="/en/project/QK1910065" target="_blank" >QK1910065: New approaches to the production of certified varieties of apple trees using NGS diagnostics of pathogens</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2020

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Zahradnictví

ISSN

1213-7596

e-ISSN

—

Volume of the periodical

19

Issue of the periodical within the volume

8

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

3

Pages from-to

35-37

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—