A real-time PCR detection of Rubus yellow net virus (RYNV), raspberry rubodvirus 1 (RaRV1), and raspberry enamovirus 1 (RaEV1) in plant material
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F25271121%3A_____%2F24%3AN0000043" target="_blank" >RIV/25271121:_____/24:N0000043 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="https://www.vsuo.cz/cs/vzdelani-a-poradenstvi/knihovna/metodiky-odborne-publikace-a-sw/real-time-pcr-detekce-viru-rubus-yellow-net-virus-rynv-raspberry-rubodvirus-1-rarv1-a-raspberry-enamovirus-1-raev1-v-rostlinnem-materialu" target="_blank" >https://www.vsuo.cz/cs/vzdelani-a-poradenstvi/knihovna/metodiky-odborne-publikace-a-sw/real-time-pcr-detekce-viru-rubus-yellow-net-virus-rynv-raspberry-rubodvirus-1-rarv1-a-raspberry-enamovirus-1-raev1-v-rostlinnem-materialu</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Real-time PCR detekce virů Rubus yellow net virus (RYNV), raspberry rubodvirus 1 (RaRV1) a raspberry enamovirus 1 (RaEV1) v rostlinném materiálu
Original language description
Certifikovaná metodika si dává za cíl zavést nové detekční systémy založené na real-time PCR pro rutinní diagnostiku Rubus yellow net virus (RYNV), raspberry rubodvirus 1 (RaRV1) a raspberry enamovirus 1 (RaEV1). RYNV je detekován v duplexním uspořádání spolu s interní pozitivní kontrolou (IPC) a RaRV1 a RaEV1 v triplexu spolu s IPC. Toto upořádání umožňuje uživateli vybrat si cílovou skupinu virů s ohledem na zamýšlený účel. Oba systémy jsou součástí diagnostické soupravy „RubusVir II qPCR-RG detekční kit – souprava pro real-time PCR detekci virů RaEV1, RaRV1 a RYNV v rostlinném materiálu“ a doplňují již publikovanou metodiku detekce virů BRNV, RpRSV, RBDV a SLRSV metodou real-time PCR (Valentová et al. 2022). Navržené detekční systémy byly příkladně validovány pro použití s cyklerem Rotor-Gene Q (Qiagen) dle validačního schématu obsaženého v EPPO PM 7/98 (5) Specific requirements for laboratories preparing accreditation for a plant pest diagnostic activity a po verifikaci je bude možné použít i na pracovištích, které disponují jiným vybavením. Součástí metodiky je i porovnání různých postupů pro přípravu cDNA (různé reverzní transkriptázy), různých PCR reagencií a jednokrokové a dvoukrokové analýzy, aby se uživatel seznámil s výhodami a nevýhodami jednotlivých postupů. Předkládaná metodika tedy rozšiřuje spektrum virů, které je u maliníku možné detekovat metodou real-time PCR a nalezne uplatnění nejen při certifikaci rozmnožovacího materiálu, ale i v základním virologickém výzkumu.
Czech name
Real-time PCR detekce virů Rubus yellow net virus (RYNV), raspberry rubodvirus 1 (RaRV1) a raspberry enamovirus 1 (RaEV1) v rostlinném materiálu
Czech description
—
Classification
Type
N<sub>metC</sub> - Methodology certified by the authorised body
CEP classification
—
OECD FORD branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
Result continuities
Project
<a href="/en/project/TO01000295" target="_blank" >TO01000295: Healthy berries in a changing climate: development of new biotechnological procedures for virus diagnostics, vector studies, elimination and safe preservation of strawberry and raspberry</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2024
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
978-80-87030-98-1
Regulation ID
UKZUZ 062144/2024
Technical parameters
Osvědčení pod č. UKZUZ 062144/2024 o uznání uplatněné certifikované metodiky vydal Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský, Brno. Smlouva o využití výsledku uživatelem byla uzavřena s ÚKZÚZ.
Economical parameters
Ekonomickou stránku předkládané metodiky lze hodnotit z několika pohledů. Protože je detekční systém pro viry RaEV1 a RaRV1 navržen v multiplexním uspořádání, dojde tak k úspoře financí, které by byly vynaloženy na přípravu dvou PCR. Dalším přínosem je skutečnost, že včasnou detekcí případných pozitivních rostlin bude zabráněno šíření virů množitelským materiálem v pěstebních plochách a tím i budoucím ztrátám na výnosu v dalších letech. Rychlejší odezva laboratoře bude mít též pozitivní dopad na ekonomiku žadatele o vyšetření zdravotního stavu ovocných plodin, neboť může získat výsledky v kratším čase, a tak na ně pružněji reagovat.
Certification body designation
Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědelský, Hroznová 2, 656 06, Brno
Date of certification
—
Method of use
C - Výsledek je využíván bez omezení okruhu uživatelů