Use of microsatellite markers to assess genetic diversity in red clover (Trifolium pratense L.)
Result description
For the detection of genetic diversity and for the disrimination of the 68 red clover (Trifolium pratense L.) varieties 8 microsatellite markers were used. Eight primer pairs amplified altogether 35 different polymorphic alleles with an average number of4.4 alleles per locus. The polymorphic information content (PIC) of the tested SSR markers ranged from 0.40 to 0.86. For the assessment of genetic diversity the dendrogram based on hierarchical cluster analysis using UPGMA algorithm was constructed. Thegenotypes were grouped into clusters. For better differentiation it is necessary to use more polymorphic microsatellite markers. The results showed the utility of microsatellite markers for detection of genetic polymorphism leading to genotype identification and for estimation of genetic diversity of red clover genotypes.
Keywords
red clover (Trifolium pratense L.)genetic diversitymicrosatellite markers (SSR)cluster analysis
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
VYUŽITÍ MIKROSATELITNÍCH MARKERů PRO URČENÍ GENETICKÉ DIVERZITY U JETELE LUČNÍHO (Trifolium pratense L.)
Original language description
Pro detekci genetické diverzity a pro rozlišení 68 odrůd jetele lučního (Trifolium pratense L.) bylo pouţito 8 mikrosatelitních markerů, které amplifikovaly celkem 35 polymorfních alel s průměrným počtem 4,4 alely na lokus. Hodnota polymorfního informačního obsahu (PIC) u testovaných SSR markerů se pohybovala v rozmezí od 0,40 do 0,86. Pro hodnocení genetické diverzity byl na základě hierarchické klastrové analýzy vyuţitím algoritmu UPGMA zkonstruován dendrogram. Genotypy pak byly seskupené do jednotlivých klastrů. Pro jejich lepší odlišení je potřebné pouţít větší mnoţství polymorfních markerů. Dosaţené výsledky poukázaly na vyuţitelnost mikrosatelitních markerů při detekci genetického polymorfismu vedoucího k identifikaci genotypů a k odhadu genetické diverzity u genotypů jetele lučního.
Czech name
VYUŽITÍ MIKROSATELITNÍCH MARKERů PRO URČENÍ GENETICKÉ DIVERZITY U JETELE LUČNÍHO (Trifolium pratense L.)
Czech description
Pro detekci genetické diverzity a pro rozlišení 68 odrůd jetele lučního (Trifolium pratense L.) bylo pouţito 8 mikrosatelitních markerů, které amplifikovaly celkem 35 polymorfních alel s průměrným počtem 4,4 alely na lokus. Hodnota polymorfního informačního obsahu (PIC) u testovaných SSR markerů se pohybovala v rozmezí od 0,40 do 0,86. Pro hodnocení genetické diverzity byl na základě hierarchické klastrové analýzy vyuţitím algoritmu UPGMA zkonstruován dendrogram. Genotypy pak byly seskupené do jednotlivých klastrů. Pro jejich lepší odlišení je potřebné pouţít větší mnoţství polymorfních markerů. Dosaţené výsledky poukázaly na vyuţitelnost mikrosatelitních markerů při detekci genetického polymorfismu vedoucího k identifikaci genotypů a k odhadu genetické diverzity u genotypů jetele lučního.
Classification
Type
Jx - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)
CEP classification
GE - Plant cultivation
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
—
Continuities
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Others
Publication year
2009
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Name of the periodical
Úroda
ISSN
0139-6013
e-ISSN
—
Volume of the periodical
57
Issue of the periodical within the volume
12
Country of publishing house
CZ - CZECH REPUBLIC
Number of pages
6
Pages from-to
—
UT code for WoS article
—
EID of the result in the Scopus database
—
Result type
Jx - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)
CEP
GE - Plant cultivation
Year of implementation
2009