Fluorescence-based AFLPs occur as the most suitable marker system for oilseed rape cultivar identification.

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60076658%3A12220%2F04%3A00005554" target="_blank" >RIV/60076658:12220/04:00005554 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Fluorescence-based AFLPs occur as the most suitable marker system for oilseed rape cultivar identification.

Original language description

Three different types of molecular markers, RAPD, SSR and fluorescence-based AFLP, were evaluated and compared for their ability to identify oilseed rape cultivars. The direct comparison of RAPD, SSR and AFLP approaches in cultivar identification showedthat the AFLP methodology detected polymorphisms more efficiently than either RAPD or SSR methods. For the characterisation of six oilseed rape cultivars, 60 RAPD primers were tested and only eight of them (14%) detected sufficient levels of polymorphism. Five microsatellites out of fifteen tested were polymorphic, but in all loci, except one, only two different alleles were detected. This result indicated the limited degree of polymorphism found in Brassica napus. Each of the six tested AFLP combinations detected polymorphisms, the best combination (M-CAA/E-ACT) had 26% polymorphic peaks from a total of 90 peaks and could distinguish the analysed cultivars and 4 out of 5 core lines of cultivars. The results presented show that floresce

Czech name

AFLP markery založené nafluorescenci jako nejvhodnější metoda identifikace odrů řepky olejky.

Czech description

Tři odlišné typy molekulárních markerů, RAPD, SSR a AFLP založené na fluorescenci byly posouzeny z hlediska vhodnosti pro identifikaci odrůd řepky olejky. Přímé srovnání RAPD, SSR a AFLP postupů při identifikaci kultivarů ukázalo, že AFLP metoda detekujepolymorfismus efektivněji než jiné RAPD a SSR metody. Pro charakteristiku šesti odrůd řepky olejky bylo testováno 60 primerů a jen devět z nich prokázalo vyšší míru polymorfismu. Pět mikrosatelitů z patnácti vykázalo polymorfismus, ale v all Alenách, kromě jedné, kde byly detekovány jen 2 odlišné alely. Výsledky ukazují omezenou míru polymorfismu u řepky olejky. Každá ze šesti AFLP testovaných kombinací detekovala polymorfismus, nejlépe kombinace (M-CAA/E-ACT) měla 26% polymorfních píků z celkem 90 píků a může odlišovat analyzované odrůdy a 4 z 5 linií odrůd. Výsledky dále ukazují, že AFLP založená na fluorescenci je více vhodná oproti RAPD a SSR.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/QD1040" target="_blank" >QD1040: Utilisation of molecular markers in hybrid breeding of oil seed rape.</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2004

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Genetics

ISSN

0016-6731

e-ISSN

—

Volume of the periodical

45

Issue of the periodical within the volume

2

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

4

Pages from-to

161-173

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—