Methodology of DNA isolation and analysis of molecular markers in fungi
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60076658%3A12220%2F19%3A43899533" target="_blank" >RIV/60076658:12220/19:43899533 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Metodika izolace DNA a analýzy molekulárních markerů u hub
Original language description
Pro hodnocení jednotlivých izolátů/kmenů hub (entomopatogenních hub ze skupiny Deuteromycetes a hub rodu Armillaria ze skupiny Basidiomycetes) jsou používány různé metody. Samotná biologická či „klasická“ morfologická charakteristika již ale v současné době neposkytuje dostatečně přesné určení jednotlivých druhů. Vypracování postupů pro aplikaci molekulárních technik pro popis a charakterizaci kmenů hub je významné i z pohledu polyfaktoriálního hodnocení sbírkových kmenů – toto polyfaktoriální hodnocení kmenů využívá standardní systém „in vitro“ testů, „in vivo“ biotestů v kombinaci s kmenově specifickým profilem DNA markerů. Předkládaná metodika zahrnuje metody a postupy pro izolaci DNA, analýzu různých typů molekulárních markerů (analýzu založenou na amplifikaci specifických částí genomu), metody a postupy pro elektroforetickou separaci a vizualizaci molekulárních markerů a hodnocení výsledků molekulární analýzy.
Czech name
Metodika izolace DNA a analýzy molekulárních markerů u hub
Czech description
Pro hodnocení jednotlivých izolátů/kmenů hub (entomopatogenních hub ze skupiny Deuteromycetes a hub rodu Armillaria ze skupiny Basidiomycetes) jsou používány různé metody. Samotná biologická či „klasická“ morfologická charakteristika již ale v současné době neposkytuje dostatečně přesné určení jednotlivých druhů. Vypracování postupů pro aplikaci molekulárních technik pro popis a charakterizaci kmenů hub je významné i z pohledu polyfaktoriálního hodnocení sbírkových kmenů – toto polyfaktoriální hodnocení kmenů využívá standardní systém „in vitro“ testů, „in vivo“ biotestů v kombinaci s kmenově specifickým profilem DNA markerů. Předkládaná metodika zahrnuje metody a postupy pro izolaci DNA, analýzu různých typů molekulárních markerů (analýzu založenou na amplifikaci specifických částí genomu), metody a postupy pro elektroforetickou separaci a vizualizaci molekulárních markerů a hodnocení výsledků molekulární analýzy.
Classification
Type
N<sub>metC</sub> - Methodology certified by the authorised body
CEP classification
—
OECD FORD branch
40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Result continuities
Project
<a href="/en/project/QK1920412" target="_blank" >QK1920412: Mycoviruses as potential agents in the protection of spruce stands against honey fungus</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2019
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
ISBN: 978-80-7394-781-1
Regulation ID
č.j. 65865/2019-MZE-16222/M204
Technical parameters
65865/2019-MZE-16222/M204
Economical parameters
V případě automatizace izolace DNA a zpracování velkého objemu vzorků je pak nutné počítat s dalšími náklady na pořízení linky pro izolaci DNA pomocí paramagnetických partikulí v objemu cca 2,5 mil Kč a automatické čipové elektroforézy nebo fragmentačního analyzátoru ve výši 1,4 mil Kč. Další náklady pak představují náklady na chemikálie a na základě dlouhodobých kalkulací činí jednotková cena za analýzu 100 vzorků se 3 molekulárními markery 2 298 tis. Kč. (ceny za chemikálie, fragmentační analýzu, sekvenování a bioinformatickou analýzu). V uvedeném příkladu kalkulace nákladů nejsou uvedeny doplňkové náklady, odpisy, náklady na vzdělávání a vyškolení personálu laboratoře, náklady na vývoj metod, které jsou odvislé od konkrétní situace a vybavenosti (materiální i personální) pracoviště. Analýza 100 vzorků ve specializovaných laboratořích, prováděná službou, je kalkulována na 824 tis. Kč pro stejný rámec analýzy. Ekonomický přínos činí rozdíl v ceně analýzy, který je vyjádřen úsporou 1,5 mil. Kč.
Certification body designation
Mze ČR
Date of certification
—
Method of use
C - Výsledek je využíván bez omezení okruhu uživatelů