Expertomica Compute Entropy on GPU toolbox

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60076658%3A12640%2F08%3A00009345" target="_blank" >RIV/60076658:12640/08:00009345 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Expertomica Compute Entropy on GPU toolbox

Original language description

Program for computation of information content of individual pixels in one digitized image or between two images. It serves as one of the methods for image processing during automated image analysis. It is based on calculation of Shannon entropy for allcombinations of lines and rows. This calculation is highly computationally intensive and this toolbox was developed to accelerate the original Matlab calculation using nVIDIA graphic cards. It reduces the computation time thousand times. In the case thatthe graphical card is not present in the computer, the computation is performed on the CPU in optimized C++ version of algorithm. The program is primarily developed for analysis of images captured by the phase contrast microscopy method. It can be utilized for any intensity (black and white or pseudo-RGB) images.

Czech name

Expertomica toolbox pro výpočet entropie na GPU

Czech description

Program pro výpočet informačního obsahu jednotlivých pixelů v digitalizovaném obrazu nebo mezi dvema obrazy. Slouží jako jedna z metod zpracování obrazu při automatické analýze. Je založena na výpočtu Shannonovy entropie pro všechny kombinace řádků a sloupců. Tento výpočet je velice náročný, proto byl vytvořen tento toolbox, který akceleruje původní výpočet v Matlabu pomocí grafických karet nVIDIA (zkrácení původního výpočetního času na tísíciny). Pokud grafická karta v počítačí chybí je spuštěn výpočetna CPU v optimalizované verzi napsané v C++. Program je primárně určen pro analýzu snímků z mikroskopu pořízených metodou fázového kontrastu. Lze jej však využít pro analýzu jakýchkoli jiných intenzitních (černobílých nebo pseudo-RGB) snímků.

Type

R - Software

CEP classification

BO - Biophysics

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

CompEntropyGPU toolbox 1.0

Technical parameters

Optimalizované zpracování snímků z mikroskopu

Economical parameters

—

Owner IČO

60076658

Owner name

Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Ústav fyzikální biologie