Suitability of flow cytometry for estimating bacterial biovolume in natural plankton samples: comparison with microscopy data

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F07%3A00087402" target="_blank" >RIV/60077344:_____/07:00087402 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Suitability of flow cytometry for estimating bacterial biovolume in natural plankton samples: comparison with microscopy data

Original language description

The relationship of flow cytometry data and epifluorescence microscopy measurements was assessed in bacterioplankton samples from 80 lakes to estimate bacterial biovolume and cell size distribution. Total counts of cells (abundances) estimated by both methods were significantly related. To explore the relationship between side scatter (SSC) or DAPI fluorescence data and cell volume (microscopy values), three classes with comparable number of observations were established for each parameter. SSC appearedto be the best cell volume predictor and significant relationships were observed between the frequencies of small classes of both parameters (r2 = 0.545, p< 0.001, n= 80), and in addition between the frequencies of the largest classes (r2 = 0.544, p< 0.001, n= 80). A reliable bacteria biomass prediction can be obtained from SSC frequency classes. FC can be used for a proper estimate of natural bacterioplankton biomass if sample heterogeneity is considered.

Czech name

Použití flow cytometrie pro odhad bakteriálních objemů v přírodních vzorcích planktonu: srovnání s mikroskopickými daty

Czech description

Vztah mezi údaji flow cytometrie a epifluorescenční mikroskopie (bakteriální buněčné objemy a jejich distribuce) byl sledován na vzorcích bakterioplanktonu z 80 jezer. Celkové počty (abundance) oběma metodami byly srovnatelné. Pro zhodnocení vztahu mezi?side scatter? (SSC) a údaji o buněčných objemech z měření s použitím DAPI byly vzorky rozděleny do 3 tříd se srovnatelnou četností. S použitím SSC byly nejlépe odhadnuty buněčné objemy. Mezi frekvencemi v nejmenší a v největší třídě obou srovnávaných parametrů byly nalezeny signifikantní vztahy: (r2 = 0.545, p< 0.001, n= 80) a (r2 = 0.544, p< 0.001, n= 80). Pomocí tříd frekvencí SSC lze dobře odhadovat bakteriální biomasu. Flow cytometrii je možno použít k odhadu biomasy přírodního bakterioplanktonu, vezmeme-li v úvahu heterogenitu vzorku.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EE - Microbiology, virology

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>R - Projekt Ramcoveho programu EK

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Applied and Environmental Microbiology

ISSN

0099-2240

e-ISSN

—

Volume of the periodical

73

Issue of the periodical within the volume

14

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

7

Pages from-to

4508-4514

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—