Isolation and characterization of the highly repeated fraction of the banana genome

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F07%3A00305799" target="_blank" >RIV/60077344:_____/07:00305799 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/61389030:_____/07:00305799

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Isolation and characterization of the highly repeated fraction of the banana genome

Original language description

Although the nuclear genome of banana (Musa spp.) is relatively small (1C 610 Mbp for M. acuminata ), the results obtained from other sequenced genomes suggest that more than half of the banana genome may be composed of repetitive and non-coding DNA sequences. Knowledge of repetitive DNA can facilitate mapping of important traits, phylogenetic studies, BAC-based physical mapping, and genome sequencing/annotation. However, only a few repetitive DNA sequences have been characterized in banana. In this work, we used DNA reassociation kinetics to isolate the highly repeated fraction of the banana genome (M. acuminata Calcutta 4?). Two libraries, one prepared from Cot < 0.05 DNA (2,688 clones) and one from Cot < 0.1 sequences (4,608 clones), were constructed, and 614 DNA clones were chosen randomly for sequencing and further characterization. Dot-plot analysis revealed that 14% of the sequenced clones contained various semi-tandem and palindromic repeated sequences. BLAST? homology searches

Czech name

Izolace a charakterizace vysoce repetitivní frakce genomu banánovníku

Czech description

Ačkoli je genom banánovníku (Musa spp.) relativně malý (1C 610 Mbp for M. acuminata ), více než jeho polovina může být složena z repetitivních a nekódujících sekvencí DNA. Znalost repetitivní DNA může usnadnit mapování důležitých znaků, studium fylogeneze, fyzické mapování BAC a sekvenování genomu. Avšak jenom několik repetitivních sekvencí DNA bylo dosud u banánovníku charakterizováno. V této práci jsme využili reasociační kinetiku DNA k izolaci vysoce repetitivní frakce genomu banánovníku (M. acuminata Calcutta 4?). V práci byly konstruovány dvě knihovny DNA, jedna z Cot < 0.05 DNA (2,688 klonů) a jedna z Cot < 0.1 sekvencí (4,608 klonů), a pro sekvenování a další charakterizaci bylo náhodně vybráno 614 klonů DNA. Dot-plot analýza odhalila, že 14% sekvenovaných klonů obsahovalo různé semi-tandemové a palindromické repetice. Analýza homologie pomocí BLAST ukázala, že Cot knihovny byly složeny hlavně z různých typů retrotranspozonů, nejčastějším z nich byl retroelement monkey typu Ty3/

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>V - Vyzkumna aktivita podporovana z jinych verejnych zdroju

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Cytogenetics and Genome Research

ISSN

1424-8581

e-ISSN

—

Volume of the periodical

119

Issue of the periodical within the volume

3-4

Country of publishing house

CH - SWITZERLAND

Number of pages

7

Pages from-to

268-274

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—