Localization of BAC clones on mitotic chromosomes of Musa acuminata using fluorescence in situ hybridization

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F08%3A00322562" target="_blank" >RIV/61389030:_____/08:00322562 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Localization of BAC clones on mitotic chromosomes of Musa acuminata using fluorescence in situ hybridization

Original language description

A bacterial artificial chromosome (BAC) library of banana (Musa acuminata) was used to select BAC clones that carry low amounts of repetitive DNA sequences and could be suitable as probes for fluorescence in situ hybridization (FISH) on mitotic metaphasechromosomes. Out of eighty randomly selected BAC clones, only one clone gave a single-locus signal on chromosomes of M. acuminata cv. Calcutta 4. The clone localized on a chromosome pair that carries a cluster of 5S rRNA genes. The remaining BAC clonesgave dispersed FISH signals throughout the genome and/or failed to produce any signal. In order to avoid the excessive hybridization of repetitive DNA sequences, we subcloned nineteen BAC clones and selected their low-copy? subclones. Out of them, one subclone gave specific signal in secondary constriction on one chromosome pair; three subclones were localized into centromeric and peri-centromeric regions of all chromosomes. Other subclones were either localized throughout the banana gen

Czech name

Lokalizace BAC klonů na mitotických chromozómech Musa acuminata pomocí fluorescenční in situ hybridizace

Czech description

Knihovna DNA banánovníku (Musa acuminata) klonovaná v umělém bakteriálním chromozómu (BAC) byla použita k selekci BAC klonů s malým zastoupením repetitivních sekvencí DNA, které by měly být vhodné jako sondy pro fluorescenční in situ hybridizaci (FISH) na mitotických metafázích chromozómech. Z osmdesáti náhodně vybraných BAC klonů dával jen jeden klon lokalizovaný signál na chromozómech M. acuminata cv. Calcutta 4. Tento klon byl lokalizován na páru chromozómů nesoucím lokus 5S rRNA. Zbývající BAC klonydávaly disperzní signály nebo žádný signál. S cílem potlačit hybridizaci repetitivních sekvencí DNA jsme subklonovali devatenáct BAC klonů a vybrali tenor nízkokopiové subklony. Z nich jeden byl lokalizován v sekundární konstrikci jednoho páru chromozómů; tři subklony byly lokalizované v centromerické a pericentromerické oblasti všech chromozómů. Další subklony dávaly dispersní signály na všech chromozómech nebo naopak nedávaly viditelné signály. Analýza nukleotidových sekvencí odhalila

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EF - Botany

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/IAA600380703" target="_blank" >IAA600380703: Molecular organization and evolution of the 45S rDNA locus in banana (Musa spp.)</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Biologia Plantarum

ISSN

0006-3134

e-ISSN

—

Volume of the periodical

52

Issue of the periodical within the volume

3

Country of publishing house

NL - THE KINGDOM OF THE NETHERLANDS

Number of pages

8

Pages from-to

—

UT code for WoS article

000259125900006

EID of the result in the Scopus database

—