Genetic polymorphism within the Leishmania donovani complex: correlation with geographic origin
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077409%3A_____%2F04%3A00104486" target="_blank" >RIV/60077409:_____/04:00104486 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
angličtina
Original language name
Genetic polymorphism within the Leishmania donovani complex: correlation with geographic origin
Original language description
Random amplified polymorphic DNA (RAPD) was used to detect intraspecific diversity for the Leishmania donovani complex. Fifty-two decameric to 21-meric primers of arbitrary sequence were applied to 15 strains that belong to nine zymodemes. Strains belonging to the species L. major and L. tropica were used as outgroups. A total of 902 amplicons generated by RAPD were scored. Most primers produced species-specific profiles, only 0.6% amplicons were shared by all species, while 4.3% amplicons were common for all 15 strains of the L. donovani complex. Well-supported trees have been constructed, which show a rather strong correlation between the genetic polymorphism of studied strains and their geographic origin. In all obtained trees, L. infantum was paraphyletic. The RAPD profiles suggest that MON-30 belongs to L. donovani. Moreover, the genetic distance between the L. archibaldi strain and other leishmanias does not warrant existence of a separate species
Czech name
Genetický polymorfismus uvnitř Leishmania donovani komplexu koreluje s jejich geografickým původem
Czech description
Polymorfismus náhodných sekvencích (RAPD) byl použit k detekci intraspecifické diverzity u L. donovani komplexu. Bylo použito 52 primerů (deseti až jednadvaceti merů), které amplifikovaly náhodné sekvence u 15 kmenů příslušícím k devíti zymodemovým skupinám. Jako outgroup byly použity L. major a L. tropica. Bylo generováno 902 amplikonů, z nichž pouhých 4.3% bylo shodných pro všech 15 kmenů L. donovani komplexu. Byl zkonstruován dobře podpořený fylogenetický strom, který podpořil silnou korelaci mezi genetickým polymorfismem a geografickým původem. L. infantum byla parafyletická u všech použitých algoritmů. MON-30 patří do L. donovani na základě RAPD profilu. A navíc, genetická vzdálenost kmene L. archibaldi a dalších leishmanií nepoukazuje na existencí jednotlivých druhů
Classification
Type
J<sub>x</sub> - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)
CEP classification
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
—
Continuities
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Others
Publication year
2004
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Name of the periodical
American Journal of Tropical Medicine and Hygiene
ISSN
0002-9637
e-ISSN
—
Volume of the periodical
70
Issue of the periodical within the volume
6
Country of publishing house
US - UNITED STATES
Number of pages
5
Pages from-to
613-617
UT code for WoS article
—
EID of the result in the Scopus database
—