Reactivity of histidine and lysine side-chains with diethylpyrocarbonate - A method to identify surface exposed residues in proteins

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60461373%3A22330%2F08%3A00020949" target="_blank" >RIV/60461373:22330/08:00020949 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Reactivity of histidine and lysine side-chains with diethylpyrocarbonate - A method to identify surface exposed residues in proteins

Original language description

The chemical modification of amino acid side-chains followed by mass spectrometric detection can reveal at least partial information about the 3-D structure of proteins. In this work we tested diethylpyrocarbonate, as a common histidyl modification agent, for this purpose. Appropriate conditions for the reaction and detection of modified amino acids were developed using angiotensin II as a model peptide. We studied the modification of several model proteins with a known spatial arrangement (insulin, cytochrome c, lysozyme and human serum albumin). Our results revealed that the surface accessibility of residues is a necessary, although in itself insufficient, condition for their reactivity; the microenvironment of side-chains and the dynamics of proteinstructure also affect the ability of residues to react. However the detection of modified residues can be taken as proof of their surface accessibility, and of direct contact with solvent molecules.

Czech name

Reaktivita histidinových a lysinových postranních řetězců s diethylpyrokarbonátem - metoda pro identifikaci povrchově dostupných zbytků v proteinech

Czech description

Chemická modifikace postranních řetězců aminokyselin detekovaná hmotnostní spektrometií může odhalit alespoň částečné informace o 3D struktuře proteinů. V této práci jsme testovali diethylpyrokarbonát, jakožto činidlo běžně užívané k modifikaci histidinu. Vhodné podmínky pro reakci a detekci modifikovaných aminokyselin byly testovány na naiotensinu II. Studovali jsme modifikaci několika modelových proteinů se známou prostorovou strukturou (insulin, cytochrom c, lysozym a lidský sérový albumin). Naše výsledky ukázali, že povrchová dostupnost aminokyselinových zbytků je nutnou, nikoliv však postačující podmínkou pro reaktivitu; mikroprostředí postranních řetězců a dynamika proteinové struktury rovněž ovlivňují reaktivitu zbytků. Nicméně detekce modifikovaných zbytků může být brána jako důkaz jejich povrchové dostupnosti a přímého kontaktu s molekulami rozpuštědla.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

CE - Biochemistry

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Journal of Biochemical and Biophysical Methods

ISSN

0165-022X

e-ISSN

—

Volume of the periodical

70

Issue of the periodical within the volume

6

Country of publishing house

NL - THE KINGDOM OF THE NETHERLANDS

Number of pages

7

Pages from-to

—

UT code for WoS article

000256393200043

EID of the result in the Scopus database

—