mMass data miner: an open source alternative for mass spectrometric data analysis

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60461373%3A22330%2F08%3A00021228" target="_blank" >RIV/60461373:22330/08:00021228 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/60461373:22310/08:00020621

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

mMass data miner: an open source alternative for mass spectrometric data analysis

Original language description

Mass spectrometry is involved in many fields of modern biochemistry. It has become a common tool not only for precise mass measurement, but also for protein identification, peptide sequencing, the identification of various post-translational modifications (PTMs), and even for the structural characterisation of proteins or protein complexes. A variety of software tools exist for data analysis and interpretation, most of which are specifically connected with individual instruments. A number of programs and web-based tools (Mascot, Protein Prospector, Profound, Aldente, GPMAW, GNU polyxmass/massXpert, etc.) are available and mostly focus on an individual proteomic task. It is, however, hard to find any publicly available software that could be used for overall mass data interpretations from the raw data manipulation, peak labelling and the precise analysis of mass spectra across a broad range of proteomic experiments. To provide a solution to these problems we have developed mMass, a pack

Czech name

mMass data miner: open source alternativa pro analýzu hmotnostně spektrometrických dat

Czech description

Hmotnostní spektrometrie se používá v mnoha směrech moderní biochemie. Stala se běžným nástrojem nejenom pro přesné měření hmotností, ale používá se i pro identifikaci proteinů, sekvenování peptidů, identifikaci různých posttranslačních modifikací a dokonce i pro charakterizaci struktury proteinů a proteinových komplexů. Existují nejrůznější softwareové nástroje pro analýzu a interpretaci dat; většina jich je však specificky spojena s určitým přístrojem. Dále je k dispozici řada programů a webových nástrojů (Mascot, Protein Prospector, Profound, Aldente, GPMAW, GNU polyxmass/massXpert, atd.) specializujících se pouze na jednu proteomickou úlohu. Je tedy těžké nalézt veřejně přístupný program, který by se dal použít pro celkovou analýzu dat, od manipulace se syrovými daty, označení píků až po precizní analýzu hmotnostních spekter v nejrůznějších proteomických experimentech. Z těchto důvodů jsme vyvinuli mMass, balíček mnoha softwareových nástrojů pro analýzu hmotnostních spekter s důraz

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

CE - Biochemistry

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Rapid Communications in Mass Spectrometry

ISSN

0951-4198

e-ISSN

—

Volume of the periodical

22

Issue of the periodical within the volume

6

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

4

Pages from-to

—

UT code for WoS article

000254593700019

EID of the result in the Scopus database

—